\chapter dient hier nur als übergeordnete Themenbezeichnung und \section soll sich in der Abfolge wie \chapter verhalten
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\usepackage{blindtext}
\renewcommand*{\thesection}{\arabic{section}} % Beginn der Zählung und Benummerung erst ab \section
\begin{document}
\addchap{Thema}
\section{Überschrift}
\blindtext[1]
\section{Überschrift}
\blindtext[1]
\addchap{Thema}
\section{(3) Überschrift}
\blindtext[1]
\section{(4) Überschrift}
\blindtext[1]
\end{document}
