Diese Frage gehört ins
Forum Literaturverzeichnis und dort wird deine Frage eigentlich bereits in den
wichtigen Hinweisen beantwortet, die du daher unbedingt lesen solltest.
Kurz gesagt: Citavi und JabRef sind Programme, um die Literaturdatenbank zu verwalten. BibTeX hingegen ist ein Programm, um die Literaturdatenbank zu nutzen. Man verwendet daher beides gemeinsam. Trotzdem kann und sollte man BibTeX ersetzen. Aber nicht durch die beiden genannten Programme, sondern durch
biblatex und
biber. Siehe dazu die oben verlinkten wichtigen Hinweise.