Hier ein Minimalbeispiel, bei welchem man auch erkennt, dass das Problem im Textmodus nicht auftaucht.
\documentclass{beamer} \begin{document} \frame{ \[\only<1>{\frac{p \textcolor{red}{s}}{q \textcolor{red}{s}}} \only<2>{\frac{p s}{q s}}\] \only<1>{p \textcolor{red}{s}} \only<2>{p s} } \end{document}