Hier ein Minimalbeispiel, bei welchem man auch erkennt, dass das Problem im Textmodus nicht auftaucht.
\documentclass{beamer}
\begin{document}
\frame{
\[\only<1>{\frac{p \textcolor{red}{s}}{q \textcolor{red}{s}}} \only<2>{\frac{p s}{q s}}\]
\only<1>{p \textcolor{red}{s}} \only<2>{p s}
}
\end{document}

