In der Voreinstellung wird ein Node mit seinem center Anker an der angegebenen Stelle eingefügt. Wie weit dieser Anker über der Grundlinie des Textes liegt, hängt davon ab, welche Höhe und Tiefe dieser hat. In Deinem Beispiel hat das Wort "pumpen" eine Unterlänge während "Geräusche machen" keine hat. Außerdem ist Höhe von "Geräusch größer" als von "pumpen". Dementsprechend erscheint "pumpen" in der Ausgabe nach oben verschoben. Wenn Du möchtest, dass die Grundlinien an den entsprechenden Stellen eingefügt werden, kannst Du anchor=base verwenden. Wenn Deine Texte immer nur einzeilig sind, kannst Du statt dessen bei der font Option auch \strut ergänzen. Oder Du gibst Texthöhe und -tiefe explizit vor.
Also zum Beispiel
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{tikz}
\begin{document}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={font=\small,anchor=base}]
\draw (3,0) circle (2)
(0.8,0) circle (2)
(0.0,0.3) node{$FT: Herz$}
(1.9,0.3) node {$E: Herz$}
(0.8,2.4) node{$\textbf{pumpen}$}
(3.7,2.4) node {$\textbf{Ger{\"a}usche machen}$};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{document}
oder
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{tikz}
\begin{document}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={font=\small\strut}]
\draw (3,0) circle (2)
(0.8,0) circle (2)
(0.0,0.3) node{$FT: Herz$}
(1.9,0.3) node {$E: Herz$}
(0.8,2.4) node{$\textbf{pumpen}$}
(3.7,2.4) node {$\textbf{Ger{\"a}usche machen}$};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{document}
Gruß
Elke
PS: \tikzstyle{xxx}=[...] ist veraltet. Nimm \tikzset{xxx/.style={...}}
