Wenn ich Dein Beispiel ausprobiere, bekomme ich ein PDF für das pdffonts mir folgende Fonts auswirft:
name type encoding emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- ---------------- --- --- --- ---------
YJWNRP+SFSS2488 Type 1 Custom yes yes no 4 0
TKZEUT+GaramondNo8-Reg Type 1 Custom yes yes no 5 0
DXEWYA+SFSS1728 Type 1 Custom yes yes no 6 0
MPFNKW+SFSS1440 Type 1 Custom yes yes no 7 0
WXARUK+GaramondNo8-Reg-Slant_287 Type 1 Custom yes yes no 13 0
RJICSD+SFSS1200 Type 1 Custom yes yes no 14 0
YUIVMH+MathDesign-GM-Regular-Symbol-10 Type 1 Builtin yes yes no 15 0
DHSCJT+GaramondNo8-Med Type 1 Custom yes yes no 19 0
Außer für die Überschriften wird also einwandfrei Garamond verwendet. Wenn das bei dir nicht so ist, hast du vermutlich den Font nicht installiert.
pdflatex sagt das dann aber ggf. auch im Log-File. Ganz am Ende lädt es normalerweise die Fonts und gibt dann etwas aus wie:
/usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/enc/dvips/ly1/texnansi.enc}{/usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/enc/dvips/cm-super/cm-super-t1.enc}</usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/mathdesign/mdugm/md-gmr7y.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1200.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1440.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1728.pfb></usr/loca
l/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss2488.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmm8a.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmr8a.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmr8a.pfb
Wenn es da einen Font nicht findet, verschweigt es das nicht.
Die von dir angegebene Warnung sagt hingegen, dass die für die Überschriften verwendete Serifenlose keine medium-bold (mb) kennt. Das passiert, weil das Paket mdugm dummer Weise \bfdefault umdefiniert.
Die Fonts kann man bei TeX Live übrigens einfach per getnonfreefonts installieren. Ob das auch mit MiKTeX funktioniert, weiß ich nicht.