Jeder \chapter (neues nummeriertes Kapitel) oder \addchap (neues nicht nummeriertes Kapitel) führt sowieso einen \cleardoublepage Befehl aus. Das \clearpage davor kannst Du also in aller Regel weglassen. Wenn die Kapitel römisch nummeriert werden sollen, dann stelle das wirklich in der Präambel ein. Ein nicht nummeriertes bekommst Du dann einfach mit \addchap. Dann erscheint sowohl die Überschrift als auch der Eintrag in der Kopfzeile auch linksbündig.
Für die Formatierung des Inhaltsverzeichnis verwendest Du besser wirklich tocstyle. Das Paket ist zwar eine Alphaversion, aber vom gleichen Autor wie die Klasse und damit auf diese abgestimmt.
\usepackage{tocstyle}
\usetocstyle{KOMAlike}
\addtokomafont{chapterentry}{\rmfamily}Das Problem mit der Kopfzeile des Inhaltsverzeichnisses entsteht, weil bei Dir die Option automark für scrlayer-scrpage fehlt. Du könntest den Eintrag zwar ebenfalls mit \markboth vornehmen, aber da Du jetzt doch die Gliederungsnummern in der Kopfzeile mit anzeigen lässt, kannst automark das Setzen der Einträge für die Kopfzeile komplett überlassen. Damit bei einseitigem Dokument \leftmark und \rightmark zur Verfügung stehen, braucht es dann aber noch die Option autooneside=false.
Wenn im Fuß nur noch die Seitenzahlen stehen, was sinnvoll ist, dann kannst Du den Zeilenumbruch in \ofoot entfernen und damit braucht footheight nicht mehr vergrößert zu werden.
% Kopf und Fußzeile
\usepackage[automark,autooneside=false]{scrlayer-scrpage} % Kapitel in Kopf und Fußzeile möglich
\clearpairofpagestyles % Kopf und Fußzeilen leeren
\renewcommand{\chapterpagestyle}{scrheadings} % Kopf und Fußzeile auf allen Seiten
\makeatletter
\providecommand*{\rightbotmark}{\expandafter\@rightmark\botmark\@empty\@empty}
\makeatother
\ihead{\leftmark\ \hspace{10mm} \ifstr{\leftmark}{\rightbotmark}{}{\rightbotmark}} % links Kopf
\ofoot{\textbf{\thepage}\ von \textbf{\pageref{LastPage}}} % rechts Fuß Insgesamt würde das dann jetzt so aussehen:
\documentclass[
%12pt, % Schriftgröße
numbers=noenddot, % kein Punkt nach Gliederungsnummern
headsepline, % kopfzeile unterstrichen Seiten
%plainheadsepline, % kopfzeile unterstrichen Auswertungen
footsepline, % fußzeile unterstrichen Seiten
plainfootsepline, % fußzeile unterstrichen Auswertungen
% toc=bibliography, % Inhaltsverzeichnis ins Inhaltsvzerzeichnis
% toc=listofnumbered,
listof=totoc, % Inhaltsverzeichnis
listof=numbered, % Tabellen erhalten Nummern im Inhaltsverzeichnis
listof=leveldown, % Tabellenkennzeichung auf chapter schieben
listof=leveldown, % Tabellenkennzeichnung auf section schieben
bibliography=totoc,
bibliography=leveldown,
% bibliography=totocnumbered,
%toc=chapterentrywithdots,
%toc=flat, % Inhaltsverzeichnis komplett linksbündig
]{scrreprt}
% weitere Einstellungen Inhaltsverzeichnis
\setuptoc{toc}{
totoc,% Eintrag ins Inhaltsverzeichnis
%leveldown, % als Abschnitt statt als Kapitel
numberline % nicht nummerierte Einträge eingerückt wie nummerierte
}
% Inhaltsverzeichnisse anpassen
\usepackage{tocstyle}
\usetocstyle{KOMAlike}
\addtokomafont{chapterentry}{\rmfamily}
% Gliederungsnummern
\renewcommand\thechapter{\Roman{chapter}} % Kapitel in römischen Zahlen
\renewcommand\thesection{\thechapter.\arabic{section}} % Section in Zahlen
\renewcommand\thesubsection{\thesection.\arabic{subsection}} % Subsection in Buchstaben
% Pakete
\usepackage[left=30mm,right=25mm,top=20mm,bottom=15mm,includeheadfoot]{geometry} % Seitenränder
\usepackage[T1]{fontenc} % westeuropäischer Codierung v
\usepackage[latin9]{inputenc} % Silbentrennung und Umlaute
\usepackage[ngerman]{babel} % Deutsches Sprachpaket
\usepackage{lmodern} % Schriftart
\usepackage{lastpage} % Seitenanzahl ermitteln
\usepackage{pdfpages} % PDF Einbinden erlauben
\usepackage{graphicx} % Grafiken einbinden
%\usepackage{amsmath} % Mathematische Formeln
%\usepackage{amsthm} % Mathematische Formeln
%\usepackage{amsfonts} % Mathematische Formeln
%\usepackage{amssymb} % Mathematische Formeln
\usepackage{mwe} % für Fülltext und Beispielbilder
% Kopf und Fußzeile
\usepackage[automark,autooneside=false]{scrlayer-scrpage} % Kapitel in Kopf und Fußzeile möglich
\clearpairofpagestyles % Kopf und Fußzeilen leeren
\renewcommand{\chapterpagestyle}{scrheadings} % Kopf und Fußzeile auf allen Seiten
\makeatletter
\providecommand*{\rightbotmark}{\expandafter\@rightmark\botmark\@empty\@empty}
\makeatother
\ihead{\leftmark\ \hspace{10mm} \ifstr{\leftmark}{\rightbotmark}{}{\rightbotmark}} % links Kopf
\ofoot{\textbf{\thepage}\ von \textbf{\pageref{LastPage}}} % rechts Fuß
% Zeilenabstand korrekt einstellen
%\usepackage{setspace} % Zeilenabstände
%\setstretch {1}% // 1 zeilig
%\setstretch {1.433}% // 1 1/2 zeilig
%\setstretch {1.902}% // 2 zeilig
\begin{document}
\addchap{Danksagung}
Ich danke euch bla bla bla
\tableofcontents
\chapter{Einleitung}
\section{Problemstellung}
\blindtext
\clearpage
\section{Stand der Technik}
\blindtext
\clearpage
\section{Aufgaben und Ziele}
\blindtext
\subsection{Primäraufgabe}
\blindtext
\subsection{Sekundäraufgabe}
\blindtext
\clearpage
\section{Strukturübersicht}
\blindtext
\chapter{Fachkapitel 1}
\chapter{Fachkapitel 2}
\chapter{Fachkapitel 3}
\chapter{Fachkapitel 4}
\chapter{Fachkapitel 5}
\chapter{Fazit}
\section{Zusammenfassung}
\blindtext
\clearpage
\section{Bewertung der Ergebnisse}
\blindtext
\clearpage
\section{Ausblick}
\blindtext
\chapter{Quellenverzeichnisse}
\listoffigures
\clearpage
\listoftables
% Anhang
\renewcommand\thesection{\thechapter.\Alph{section}} % Section in Buchzstaben
\chapter{Anhang}
Wesentliche Anhänge sind in diesem Kapitel dargestellt... bla bla. Andere Anhänge werden auf einem Datenträger mitgeliefert ... bla bla
\blindtext
\clearpage
\section{Anhang 1}
\clearpage
\section{Anhang 2}
\end{document}Da Du noch nicht angefangen hast zu schreiben, überlege Dir ob Du als Eingabekodierung nicht lieber utf8 statt ansi verwenden möchtest. Du müsstest dann alle Dateien als utf8 abspeichern und bei inputenc die Option von latin9 in utf8 ändern. Infos dazu findest Du zum Beispiel hier und hier.
Gruß
Elke