Geh die Paketliste durch. Brauchst du wirklich alle? setspace hast du zum Beispiel zwei Mal geladen.
color wird von xcolor geladen, was wiederum von pdfpages geladen zu werden scheint. Statt colortbl zu laden, gibt man besser bei xcolor die Option table an. Damit es keinen Optionenclash gibt muss xcolor dann aber vor pdfpages geladen werden oder man nutzt am Dokumentenanfang den Befehl \PassOptionsToPackage{table}{xcolor}.
Hier ist mal trotzdem schon eine erste Anpassung deiner Tabelle:
\documentclass[listof=totoc, headsepline, footsepline,numbers=noendperiod]{scrreprt}
\PassOptionsToPackage{table}{xcolor}
\usepackage[l2tabu, orthodox]{nag}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[american,ngerman]{babel}
\usepackage{csquotes}
\usepackage[style=authoryear,backend=bibtex,sorting=anyt,labelalpha=true]{biblatex}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage[german]{fancyref}
\usepackage[margin=3cm, right=2cm]{geometry}
\usepackage{appendix}
\usepackage{makeidx}
\usepackage[final]{pdfpages}
\usepackage{float}
\usepackage{lscape} % stellenweises Querformat
\usepackage{eurosym}
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,5}
\usepackage{chngcntr}
\counterwithout{footnote}{chapter}
\usepackage[printonlyused]{acronym}
\usepackage[format=plain,justification=centering,singlelinecheck=off]{caption}
\usepackage[multiple]{footmisc}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{longtable}
\usepackage{supertabular}
\usepackage{lscape}
\usepackage{amsmath}
%\usepackage{setspace} % doppelt
%\usepackage[]{url}
\usepackage{caption}
\usepackage{minitoc}
\usepackage{arydshln}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{ifthen}
\usepackage{multirow}
\makeatletter
\renewcommand\@makefntext[1]{%
\setlength{\hangindent}{2em}
\noindent
\hb@xt@\hangindent{%
\hss\@textsuperscript{\normalfont\@thefnmark}\hspace{.1em}}#1}
\makeatother
\usepackage{multicol}
\usepackage{tabularx}
\newcolumntype{L}[1]{>{\raggedright\arraybackslash}p{#1}} % linksbündig mit Breitenangabe
\newcolumntype{C}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}} % zentriert mit Breitenangabe
\newcolumntype{R}[1]{>{\raggedleft\arraybackslash}p{#1}} % rechtsbündig mit Breitenangabe
%\usepackage{color}% wurde bereits geladen
% Define user colors using the RGB model
\definecolor{dunkelgrau}{rgb}{0.8,0.8,0.8}
\definecolor{hellgrau}{rgb}{0.95,0.95,0.95}
%\usepackage{colortbl}% xcolor wurde bereits von pdfpages geladen
\usepackage[bookmarksopen,colorlinks=true]{hyperref} %colorlinks=true: Links werden
% farbig dargestellt (s.unten). Umstellung auf false: Links werden nicht farbig dargestellt.
%
% Wenn links farbig dargestellt werden sollen, gilt folgende Zuordnung:
\hypersetup{citecolor={black}} % Zitatlinks in blau
\hypersetup{citebordercolor={1 1 1}} % Umrandung der Zitatlinks in weiß (=nicht sichtbar)
\hypersetup{linkcolor={black}} % Links in blau
\hypersetup{linkbordercolor={1 1 1}} % Umrandung der Verweislinks in weiß (=nicht sichtbar)
\hypersetup{urlcolor=black}
%mathematische Symbole
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{blindtext} % ermöglichauthoryeart das einfache Erstellen von Blindtext
%\hyphenation{}
\makeindex
\makeglossary
\bibliography{LaTeX_Demo}
\begin{document}
\begin{table}[htbp]
\centering
\begin{minipage}{\textwidth}
\renewcommand{\footnoterule}{}
\renewcommand{\thefootnote}{\alph{footnote}}
\centering
\begin{tabular}{|L{3.2cm}|R{3.2cm}|R{3.15cm}|R{2.1cm}|R{2.1cm}|}\hline\rowcolor{dunkelgrau}
\textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X}\\ \hline\hline
\textbf{XXX} & YYY & ZZZ\footnotemark[1] & 12,6 &\\ \hline
\textbf{XXX} & YYY & ZZZ ()\footnotemark[1] & 16,0 &\\ \hline
\end{tabular}
\footnotetext[1]{\cite[Vgl.][]{XXX}}
\end{minipage}
\caption[XXX]{XXX \\ Quelle: Eigene Darstellung}
\label{tab:EXD}
\end{table}
{
\renewcommand{\footnoterule}{}
\renewcommand{\thefootnote}{\alph{footnote}}
\begin{longtable}{|L{3.2cm}|R{3.2cm}|R{3.15cm}|R{2.1cm}|R{2.1cm}|}
\caption[XXX]{XXX \\ Quelle: Eigene Darstellung}
\label{tab:EXD2}
\endlastfoot
\hline\rowcolor{dunkelgrau}
\textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X} & \textbf{X}\\ \hline\hline
\textbf{XXX} & YYY & ZZZ\footnotemark[1] & 12,6 &\\ \hline
\textbf{XXX} & YYY & ZZZ ()\footnotemark[1] & 16,0 &\\ \hline
% Fussnoten:
\multicolumn{5}{@{}L{\dimexpr13.75cm+10\tabcolsep\relax}@{}}{%
\begin{minipage}{\linewidth}\footnotetext[1]{\cite[Vgl.][]{XXX}}\end{minipage}
}
\end{longtable}
}
\end{document}Elke
