Für die Verwendung von \chapter musst Du ja bereits alternativen Code in die Klasse einbauen. Dasselbe Problem gibt es generell für alle Befehle, die etwas in die aux-Datei (oder eine andere Datei) schreiben, außer dies geschieht \immediate, was bei der aux-Datei normalerweise nur \include selbst macht. Es sind diverse weitere denkbar. Wenn Du diese vorab alle in der Klasse behandelst, ist das ok. Wenn Du aber eine vergisst und der Anwender das nicht bemerkt …
Die \include-Idee, bei der man nur im finalen Lauf etwas nicht ausführt, halte ich deshalb für keine schlechte Idee. Dort kann man eindeutig dokumentieren, wie man es richtig macht. Der Anwender kann sich dann nicht mehr darauf rausreden, er habe nicht wissen können, wie es richtig geht.
Das Auslagern in Dateien und die \include-Anweisung selbst kann man übrigens sogar verstecken, indem man beispielsweise intern mit filecontents arbeitet, wie das in
http://texwelt.de/wissen/fragen/1815/zi ... rlage/1833 gezeigt wird. Das Beispiel müsste man natürlich um einiges erweitern, damit es alles tut, was man braucht, aber der Ansatz ist schon einmal gut.
Theoretisch könnte man sogar mit Hilfe des
rerunfilecheck-Pakets und \write 18 in der Klasse dafür sorgen, dass genügend LaTeX-Läufe durchgeführt werden, bevor ein finaler Lauf mit ausgenommenen Dateien stattfindet. Das funktioniert dann zwar nur, wenn shell escapes aktiviert sind, aber darauf kann man den Anwender mit der Nase stoßen, so dass gar keine online-Fassung erzeugt, sondern nur ein Fehler gemeldet wird, wenn er das versäumt.
Aufgrund gewisser Gegebenheiten klappt eben das mit den Include-Dateien für ganze Kapitel nicht in der Art und Weise, wie ich meine Klasse implementiert habe
Das verstehe ich nicht, muss es Dir aber so glauben.
Natürlich könnte das sicherlich mit einer Anleitung jeder richtig machen, sind ja alles Leute, die promovieren wollen, aber eigentlich wollen die nicht in LaTeX promovieren.
Wissenschaftliches Arbeiten ist generell Teil einer Promotion, denn der Dr.-Titel ist in Deutschland nicht einfach nur ein Lehrer-Titel, sondern ein wissenschaftlicher Grad. Ein winziger Teil davon sollte sein, dass man eine einfache Anleitung wie "Führen Sie zunächst sämtliche LaTeX-Läufe durch, die für die endgültige Papierfassung notwendig sind. Setzen Sie erst dann Option online und führen Sie danach einen weiteren LaTeX-Lauf durch." versteht und in der Lage ist, sich daran zu halten. Aber wie gesagt, das lässt sich auch automatisieren, wahlweise mit (La)TeX selbst, mit Lua(La)TeX, TeXLua oder in einer beliebigen, anderen Programmiersprache.
Wenn Du aber überzeugt bist, dass Deine Lösung, die bisher möglicherweise nicht allgemein funktioniert und bei der der Anwender ggf. selbst darauf kommen muss, ob sich funktioniert oder nicht, aus Anwendersicht trotzdem besser ist, dann verstehe ich nicht, wo genau Dein Problem liegt. Vielleicht kannst Du Deine Frage dann noch einmal konkretisieren oder falls die Frage beantwortet ist, den Status entsprechend anpassen?