Der Pfeil ist ja kein node, sondern ein Pfad, korrekt?
Hat es damit was zu tun?
In der shadow-lib Doku ist diese Situation an sich nicht behandelt.
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{xltxtra}
\defaultfontfeatures{Mapping=tex-text}
% Sprache
\usepackage{polyglossia}
\setdefaultlanguage[spelling=new]{german}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shadows}
\tikzset{
table/.style={remember picture,baseline,every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt}}
}
\begin{document}
% Tabelle mit zwei TikZ-Knoten
\begin{tabular} {c | c}
\tikz[table] \node (nA) {a};&
\tikz[table] \node (nB) {b};
\end{tabular}
% Knoten mit Pfeil verbinden
\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
\draw[->,drop shadow] (nA.center) -- (nB.center);
\end{tikzpicture}
\end{document}