Sollen die Seiteneinstellungen und die Randnotiz fürs ganze Dokument gelten? Dann würde ich es nicht in die Kopfzeile packen, und auch nicht marginpar als Befehl wählen.
Die Seiteneinstellungen würde ich direkt machen, sie gelten ja fürs ganze Dokument.
Für die Randnotiz würde ich eso-pic wählen und sie quasi wie ein Wasserzeichen fix an den Rand kleben.
Mal ganz grob könnte dein Dokument so aussehen:
% --- Configuration --- %
\documentclass[11pt,a4paper,oneside]{article}
\usepackage{seite} % Layout
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{seite.sty}
% --- Packages --- %
\usepackage[top=1 cm, bottom=2.4 cm, left=1.5 cm, right= 1.8cm]{geometry} % für Seitengrösse
%\usepackage{german} % Format für Ländereinstellungen wie z.B. Datum
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc} % Umlaute direkt im Editor eingebaar
\usepackage{graphicx} % für Grafiken
\usepackage{epstopdf} % Umwandlung von EPS in Pdf für LateX to PDF compiler
\usepackage{multirow} % Spalten u. Zeilenübergreifende Zellen (wie "Zellen verbinden" in Excel)
\usepackage{amsmath} % Mathe
\usepackage{amssymb} % Mathesymbole
\usepackage{fancyhdr} % Kopf- und Fusszeile
\usepackage{lastpage} % Seitenzahlnummerierung N of M
\usepackage{ifthen} % Programmierung von Logik und Schleifen
\usepackage{eso-pic}
%\usepackage{rotating} % für Rotation
%\usepackage[ngerman]{babel} % Neue deutsche Rechtschreibung
% --- Seitenstile einrichten --- %
% Stil für normale Seite
\fancypagestyle{mda}{
\fancyhf{}
% Hinweise linke Spalte
%\reversemarginpar
% \marginpar{%
% MARGINPAR
% %%\rotatebox{90}{\scriptsize{
% %%\begin{tabular}{p{9.3 cm} p{6 cm} p{8.9 cm} p{0.25 cm}}
% %%\multirow{2}{10 cm}{Wir sind nach ISO 9001/14001 zertifiziert (SQS Register Nr. 10763-5)} &
% %%\multirow{2}{7 cm}{Dieses Protokoll ist vertraulich zu behandeln. \\Es darf nicht auszugsweise kopiert werden.} &
% %%These test results relate only to the items tested. This test record has to be treated as confidential and may not be copied except in full. &
% %%\end{tabular}
% %%}}%
% }
% --- Kopfzeile --- %
\fancyhead[R]{\BerichtNr%
} %\includegraphics[height=0.06\textwidth]{C:/Users/Oranjeche/Documents/20_Sulzer/Bericht_Pics/Unt_JHH.eps}}
% --- Fusszeile --- %
\fancyfoot[L]{\scriptsize{Name, Abteilung und Adresse, Postleitzahl, Stadt,}\\ \scriptsize{e-mail: blablabla@yoyoy.com}}
\fancyfoot[R]{\scriptsize{Tel: +49 (0)1234567890}\\ \scriptsize{Seite \thepage\ von \pageref{LastPage}}}
}
%%%%%%%%%%
% Seiteneinstellungen
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{1em plus 1em minus 0.5em}
\renewcommand{\headrulewidth}{1pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{1pt}
\setlength{\voffset}{15mm}
\setlength{\headheight}{5mm}
\setlength{\headsep}{5mm}
\setlength{\textheight}{247.5mm}
\setlength{\hoffset}{3mm}
\setlength{\marginparwidth}{6mm}
%%%%%%%%%%
\AddToShipoutPictureFG{%
\put(10,100){%
\rotatebox{90}{\scriptsize{
\begin{tabular}{p{9.3 cm} p{6 cm} p{8.9 cm} p{0.25 cm}}
\multirow{2}{10 cm}{Wir sind nach ISO 9001/14001 zertifiziert (SQS Register Nr. 10763-5)} &
\multirow{2}{7 cm}{Dieses Protokoll ist vertraulich zu behandeln. \\Es darf nicht auszugsweise kopiert werden.} &
These test results relate only to the items tested. This test record has to be treated as confidential and may not be copied except in full. &
\end{tabular}
}}%
}%
}
\end{filecontents}
\pagestyle{mda}
% --- Angaben für Deckblatt --- %
\newcommand{\BerichtNr}{TB10 0001 30}
\usepackage{blindtext}
% --- Bericht --- %
\begin{document}
\section{Auszug Testseite}
\blindtext[20]
\section{Titel 2}
\newpage
Seite drei aber auch
\newpage
Seite vier sowieso
\end{document}
(Btw, mit der filecontents-Umgebung kannst du auch .sty-Dateien in ein MB packen, und blindtext ist für Fülltext sehr praktisch.)