Hallo,
das liegt daran, dass du scrartcl verwendest und \section dort die höchste Gliederungsebene ist. Auf der rechten Seite würde dann (wegen \headmark) der Eintrag für \subsection stehen.
Wenn du aber unbedingt die \section auf den ungeraden Seiten stehen haben möchtest, dann kannst du statt \headmark hier \leftmark (\rightmark gäbe es dann auch noch) verwenden.
Dann musst du aber explizit angeben, wo \leftmark stehen soll. Verwendest du weiterhin nur \ihead, so erscheint \leftmark nicht nur auf den ungeraden, sondern auch auf den geraden Seiten.
\documentclass[a4paper,twoside,10pt]{scrartcl}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsthm}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[automark,headsepline,plainheadsepline]{scrpage2} % ich weiß gerade nicht mehr, wieso,
% aber ich habe im Kopf, dass die Variante
% mit "automark" hier besser ist :)
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\lehead{\pagemark}
\lohead{\leftmark}
\rohead{\pagemark}
% \ihead[\headmark]{\headmark}
% \ohead[\pagemark]{\pagemark}
\begin{document}
\section{Abschnitt}
\subsection{Unterabschnitt}
Erste Seite.
\clearpage
Zweite Seite.
\clearpage
Dritte Seite.
\end{document}
Wenn du meinen Vorschlag auskommentierst und deinen wieder einkommentierst, siehst du, dass auf den ungeraden Seiten dann die \subsection steht.
Viele Grüße,
\\ guy.brush
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