Sorry, Variante 3 hatte ich falsch kopiert. Den Unterschied zwischen Variante 1 und 2 hättest Du aber sehen müssen.
Was die Einordnung der Literaturverzeichnisses betrifft: Ich habe nicht umsonst das Paket bookmark genannt. Damit kann man dann auch dafür sorgen, dass das Literaturverzeichnis eine Ebene höher einsortiert wird. Und dieses anrüchige Getrickse mit \refstepcounter kann man sich dann auch sparen. Vielleicht solltest Du dessen Anleitung mal gründlich lesen. Das Paket ist einfach nur super für alles, was bookmarks betrifft.
Ansonsten bin ich keinesfalls der Meinung, dass man im Anhang auf \chapter verzichten sollte. Mit welcher Begründung, soll die oberste Ebene im Anhang plötzlich nicht mehr Kapitel sein? Selbst wenn man nur ein Kapitel im Anhang hat, bleibt es ein Kapitel. Alles andere wäre doch inkonsequent und in meinen Augen typografischer Pfusch. Wenn die Bookmarks nicht stimmen, muss man die Bookmarks ändern und nicht die Gliederung vermurksen.
Hier also noch einmal Variante 3 mit der Andeutung eines Literaturverzeichnisses:
\documentclass{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\usepackage[pdftex,
bookmarks=true,%
bookmarksopen=true,
bookmarksopenlevel=0,
bookmarksnumbered=false,
plainpages=false,
hyperindex=true,
pdfstartview=%
]{hyperref}
\usepackage{bookmark}
\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\appendix
\cleardoubleoddpage% Nicht wundern, dass das bei einseitigen Dokumenten auch
% zu einer geaden Seite führen kann!
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{part}{\appendixname}
\setchapterpreamble[o]{% siehe KOMA-Script-Anleitung
\usekomafont{disposition}\usekomafont{part}\appendixname\bigskip}
\blinddocument
\blinddocument
\bookmarksetup{startatroot}
\addchap{\bibname}
\end{document}
Ich bleibe deshalb bei meinen drei Vorschlägen.