Du hast eben nicht meinen Code ausprobiert. Du hast erst meinen Code geändert und ihn dann ausprobiert. Das ist, als würdest Du mir sagen, dass die teure weiße Farbe, die ich Dir verkauft habe, entgegen meiner Behauptung auf einer roten Wand nicht beim ersten Anstrich decken, ich dann dunkelblaue Abtönfarbe dazugeben und damit dann beweisen wollte, dass Deine Behauptung falsch sei. Deine Änderung ist lediglich etwas schwerer aufzuspüren, so dass ein unbedarfter Beobachter sich von Dir sogar reinlegen lassen könnte.
In meinem Beispiel wird die Klasse
paper verwendet. Du verwendest aber die Klasse
scrreprt. Du kannst Dir vielleicht vorstellen, dass der Umbruch auch von der Klasse abhängt und ein Beispiel, bei dem der (asynchrone) Seitenumbruch eine Rolle spielt, sich durch die Änderung der Klasse ändert. Wenn Du genau mein erstes Beispiel verwendest sollte im Kopf "2 First Section" stehen.
Das heißt jetzt nicht, dass bei scrreprt das Problem nicht auftritt. Es tritt nur zufällig in dem Beispiel nicht auf, wenn man die Klasse paper durch scrreprt ersetzt, weil der Umrbuch anders ist. Mit nur einem geänderten Zeichen hast Du das Problem auch bei scrreprt:
\documentclass[12pt]{scrreprt}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{color}
\definecolor{darkblue}{rgb}{0,0,0.5}
\rhead{\color{black}Seite \thepage}
\lhead{\begin{tabular}{>{\columncolor{darkblue}\color{white}}c|||%
>{\columncolor{white}}c}
\large\bfseries~~\thesection&~
\end{tabular}\color{darkblue}\bfseries\leftmark}
\renewcommand*\sectionmark[1]{\markboth{\MakeUppercase{#1}}{}}
\usepackage{lipsum}
\begin{document}
\section{First Section}
\lipsum[1-4]\lipsum[4]
\section{Second Section}
\lipsum
\end{document}
Sicherheitshalber gebe ich Dir jetzt noch die Klassen- und Paketversionen an, die ich verwendet habe:
*File List*
scrreprt.cls 2009/04/03 v3.03a KOMA-Script document class (report)
scrkbase.sty 2009/04/03 v3.03a KOMA-Script package (KOMA-Script-dependent basics and keyval usage)
scrbase.sty 2009/04/03 v3.03a KOMA-Script package (KOMA-Script-independent basics and keyval usage)
keyval.sty 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
scrlfile.sty 2009/03/25 v3.03 KOMA-Script package (loading files)
tocbasic.sty 2009/01/20 v3.02a(package)
scrsize12pt.clo 2009/04/03 v3.03a KOMA-Script font size class option (12pt)
typearea.sty 2009/04/03 v3.03a KOMA-Script package (type area)
fancyhdr.sty
colortbl.sty 2001/02/13 v0.1j Color table columns (DPC)
array.sty 2005/08/23 v2.4b Tabular extension package (FMi)
color.sty 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
pdftex.def 2008/09/08 v0.04l Graphics/color for pdfTeX
lipsum.sty 2005/01/26 v1.0 150 paragraphs of Lorem Ipsum dummy text
supp-pdf.tex
Genau darum, dass dieses Problem auftreten kann und man im Voraus nicht sagen kann, ob es bei einem Dokument auftreten wird, geht ist. Diese schwere Vohersagbarkeit, die Schwierigkeit, dass eine kleine Änderung das Problem auslösen kann, macht es umso schwerwiegender. Denn solche kleinen Änderungen macht man üblicherweise 5 Minuten bevor das Dokument in Druck geht. Und beim anschließenden mal eben drüberschauen, merkt das garantiert niemand. Das fällt dann erst dem aufmerksamen Leser auf und dann ist es zu spät. Also sollte man sich solche Fallen gar nicht erst stellen, sondern Zähler und Überschrift immer per Mark-Mechanismus in den Kolumnentitel schreiben. Der Mark-Mechanismus berücksichtigt nämlich den asynchronen Seitenumbruch, so dass das Problem nicht auftritt.