Wenn Du findest, dass eine Verwechslungsgefahr besteht (was ich im Index durchaus nachvollziehen kann) und Du die entsprechenden Variablen nicht umbenennen möchtest oder kannst, dann bleibt Dir in der Tat nur eine andere Schrift. Du brauchst natürlich eine Schrift, die auch einen ordentlichen Mathematik-Support hat (und wirst wahrscheinlich in den meisten Fällen auch Deine Textschrift anpassen wollen).
Mit den Unicode-Engines LuaLaTeX und XeLaTeX kannst Du Systemschriften (OTF, TTF) nutzen, mit pdfLaTeX müssen die Schriften in einem TeX-lesbaren Format vorliegen (oft als Type1-Schriften). Bei TeX.SX gibt es für beides Listen https://tex.stackexchange.com/q/59702/35864 und https://tex.stackexchange.com/q/425098/35864. Es gibt auch den LaTeX Font Catalogue: https://tug.org/FontCatalogue/mathfonts.html. Du kannst die Vorschläge ja mal durchprobieren, ich würde aber erwarten, dass a und alpha in den meisten Schriften vergleichsweise ähnlich aussehen.
Hier ein paar Beispiele. Entferne einfach das % vor einer \usepackage-Zeile, um eine Schrift zu testen.
% MWE für pdfLaTeX
\documentclass[a4paper,11pt,oneside]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{mathtools}
% Latin Modern
%\usepackage{lmodern}
% mathpazo
%\usepackage{mathpazo}
% newPX
%\usepackage{newpxtext,newpxmath}
% KPfonts
%\usepackage{kpfonts}
% Libertinus
%\usepackage{libertinus,libertinust1math}
% newTX
%\usepackage{newtxtext,newtxmath}
% STIX
%\usepackage{stix2}
% STIX2
%\usepackage{stix2}
\begin{document}
\begin{gather}
\frac{a}{\alpha}\\
X_{\alpha} \quad\text{oder}\quad X_{a}
\end{gather}
Ist das jetzt a durch alpha oder alpha durch a?
Xa oder Xalpha?
\end{document}