\ModifyLayer[addvoffset=-1.5mm]{scrheadings.foot.above.line}
verschiebt nur die Linie auf den Seiten mit Seitenstil scrheadings. Kapitelanfangsseiten, wozu auch die Anfangsseiten von Verzeichnissen gehören, werden im zugehören plain-Stil gesetzt also plain.scrheadings. Entsprechend müsstest du auch die Linie für diesen Still verschieben.
Allerdings:
fügt durch die Verwendung der Sternform den Kolumnentitel auch dem plain-Stil hinzu, damit wird der plain-Stil eine verkappte Kopie des headings-Stils. Aber eben nur eine verkappte Kopie und nicht dasselbe. Generell sollte man den plain-Stil nicht mit lebenden Kolumnentiteln versehen. Will man wirklich, dass Kapitelanfangsseiten ebenfalls einen Kolumnentitel tragen, ist es sicher besser mit
\renewcommand*{\chapterpagestyle}{headings}
den headings-Stil auch für diese Seiten zu verwenden und dafür den Stern bei \ihead weg zu lassen. Aber genau genommen sollte man genau das nicht. Kolumnentitel auf Kapitelanfangsseiten sehen – man verzeihe mir die deutliche Sprache – Scheiße aus und bei doppelseitigen Dokumenten gilt das umso mehr. Also besser den Stern bei \ihead weg nehmen und auch \chapterpagestyle nicht umdefinieren. Und dann landen wir bei:
\documentclass[12pt,twoside]{scrreprt}
\usepackage[left=3cm,right=2cm,top=2.5cm,bottom=2cm]{geometry} %Seitenränder
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel} %Rechtschreibung
\usepackage{lmodern} %Schriftart
\usepackage[automark,plainfootsepline,footsepline]{scrlayer-scrpage} %Kopf-und Fußzeile,Trennlinie über der Fußzeile
\usepackage{blindtext} %Beispieltext
\ModifyLayers[addvoffset=-1.5mm]{%
scrheadings.foot.above.line,%
plain.scrheadings.foot.above.line%
}
\KOMAoptions{open=right} %Neue Kapitel beginnen auf der rechten Seite, ggfs. wird eine Vakatseite eingefügt
\KOMAoptions{toc=bibnumbered} %Literaturverzeichnis erhält einen Eintrag im Inhaltsverzeichnis und wird nummeriert
\KOMAoptions{toc=listofnumbered} %Gleitumgebungen, beispielsweise das Abbildungs- und das Tabellenverzeichnis, erhalten einen Eintrag im Inhaltsverzeichnis und werden nummeriert
\setcounter{secnumdepth}{\subsubsectionnumdepth} %Gliederungstiefe im Text
\setcounter{tocdepth}{\subsubsectiontocdepth} %Gliedrungstiefe im Inhaltsverzeichnis
\clearpairofpagestyles %Kopf- und Fußzeile bestimmen
\ihead{\headmark}
\ofoot*{\pagemark}
\begin{document}
\listoffigures %Abbildungsverzeichnis
\listoftables %Tabellenverzeichnis
\tableofcontents
\blinddocument
\end{document}
Übrigens: Die Randeinstellung sind grauenhaft. Und ich würde Optionen nicht einzeln per \KOMAoptions setzen. Die Mehrzahl der Optionen würde ich bei \documentclass setzen. Das ist der Ort, wo man normalerweise Optionen erwartet. Wenn schon \KOMAoptions dann besser nur eine, an einer Stelle. Einzelne Anweisungen haben dagegen die Angewohnheit, sich beliebig in der Präambel zu verteilen. Mag ich nicht. Und ggf. bekommen andere Pakete dann die eine oder andere Option auch nicht mit.
biblatex war da mal so ein Fall, der nur auf bibliography=totoc im optionalen Argument von \documentclass reagierte. Da hat sich aber AFAIK in den letzten ein bis zwei Jahren viel bezüglich Zusammenarbeit mit KOMA-Script getan. Kann sein, dass das kein Problem mehr ist.