Literaturverzeichnis mit BiblaTeX und Citavi Thema ist als GELÖST markiert

Erstellung eines Literaturverzeichnisses mit BibTeX, Biber, BibLaTeX und Co.


Gast

Literaturverzeichnis mit BiblaTeX und Citavi

Beitrag von Gast »

Hallo an alle,
ich habe ein riesiges Problem und bin schon am verzweifeln. In Kürze muss ich meine Abschlussarbeit abgeben, aber ich komme einfach nicht weiter.
Ich verwende den Editor TeXstudio in Kombination mit dem Literaturverwaltungsprogramm Citavi. Aus Citavi kann ich Dateien exportieren, die dann als eine Literatur.bib Datei gespeichert sind. In TeXstudio habe ich die Wahl ein Häkchen bei BibTeX oder BiblaTeX zu machen. Mein Häkchen ist bei BiblaTex und ich kann aus Citavi (mit nur einem Klick) eine (zuvor ordentlich exportierte) Literaturstelle in den LaTeX Code als Zitat einfügen. Das ganze erscheint dann als \cite{xxx}. Ich habe außerdem das usepackage natbib geladen und verwende den bibliographystyle plain. (sind die beiden überhaupt sinnvoll kompatibel?) Kompilieren usw. funktioniert auch, ich bekomme ein tolles Literaturverzeichnis und die Nummern sind auch im Text, aber es ist alles (bis auf den Satzanfang) klein geschrieben. Kursive Wörter können garnicht übernommen werden, da gibt es eine Fehlermeldung, wenn ich die nicht schon in Citavi rausnehme, und griechische Buchstaben gehen auch nicht.
Ich binde das Literaturverzeichnis mit \include ein, weiß aber nicht genau, auf welche Datei das zugreift, auf die Literatur.bib, oder eine andere?
Ich habe mal zwei Beispieleinträge angehängt. Im ersten soll cDNA groß geschrieben werden, im zweiten sind zwei griechische Buchstaben, die ich ausschreiben musste, damit das ganze überhaup eingelesen wird und ein großes T.

Hat irgendjemand eine Ahnung, was ich falsch mache, oder wie ich das groß/kursiv/griechische Buchstaben Problem löse? Ich weiß nicht ob es an Citavi liegt oder an LaTeX oder an beidem.

Außerdem wäre es schön, den Nachnamen zuerst und dann den abgekürzten Vornamen zu bekommen.

Hilfe, Hilfe!!


\documentclass[a4paper,12pt,headsepline, plainheadsepline]{book} 
\usepackage[section]{placeins}
\usepackage[english]{babel}
\AtBeginDocument{\renewcommand{\chaptername}{}} 

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc} 
\usepackage{caption} 
\usepackage{float} 
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{subfigure} 
\usepackage{longtable} 
\usepackage{tabularx} 
\usepackage{array} 
\usepackage{fixltx2e} 
\usepackage[normalem]{ulem} 
\usepackage{scrpage2} 
\pagestyle{scrheadings} 
\clearscrheadfoot 
\ohead{\headmark} 
\cfoot[\pagemark]{\pagemark} 
\automark[chapter]{section} 
\usepackage[font=footnotesize]{caption} 
\usepackage{titlesec} \titleformat{\chapter}{\bfseries\Huge}{\thechapter\quad}{0em}{} 
\usepackage{pdfpages} 
\usepackage{ltxtable} 
\usepackage{hhline} 
\usepackage{natbib}
\bibliographystyle{plain} 
\usepackage{setspace} 
\onehalfspacing 



\begin{document}
% an dieser Stelle wird das Literaturverzeichnis mit \include{07_Literature/Literature} eingebunden
%Beispiel:

% This file was created with Citavi 4.4.0.28
@article{Bell.1986,
 abstract = {Complementary DNA clones encoding the human kidney epidermal growth factor (EGF) precursor have been isolated and sequenced. They predict the sequence of a 1,207 amino acid protein which contains EGF flanked by polypeptide segments of 970 and 184 residues at its NH2- and COOH-termini, respectively. The structural organization of the human EGF precursor is similar to that previously described for the mouse protein and there is 66{\%} identity between the two sequences. Transfection of COS-7 cells with the human EGF precursor cDNA linked to the SV40 early promoter indicate that it can be synthesized as a membrane protein with its NH2-terminus external to the cell surface. The human EGF precursor gene is approximately 110 kilobase pairs and has 24 exons. Its exon-intron organization revealed that various domains of the EGF precursor are encoded by individual exons. Moreover, 15 of the 24 exons encode protein segments that are homologous to sequences in other proteins. Exon duplication and shuffling appear to have played an important role in determining the present structure of this protein.},
 author = {Bell, G. I. and Fong, N. M. and Stempien, M. M. and Wormsted, M. A. and Caput, D. and Ku, L. L. and {et~al.}},
 year = {1986},
 title = {Human epidermal growth factor precursor: cDNA sequence, expression in vitro and gene organization},
 pages = {8427--8446},
 volume = {14},
 number = {21},
 issn = {1362-4962},
 journal = {Nucleic acids research}
}


@article{Boismenu.1994,
 abstract = {The role played in immune surveillance by gamma delta T cells residing in various epithelia has not been clear. It is shown here that activated gamma delta T cells obtained from skin and intestine express the epithelial cell mitogen keratinocyte growth factor (KGF). In contrast, intraepithelial alpha beta T cells, as well as all lymphoid alpha beta and gamma delta T cell populations tested, did not produce KGF or promote the growth of cultured epithelial cells. These results suggest that intraepithelial gamma delta T cells function in surveillance and in repair of damaged epithelial tissues.},
 author = {Boismenu, R. and Havran, W. L.},
 year = {1994},
 title = {Modulation of epithelial cell growth by intraepithelial gamma delta T cells},
 pages = {1253--1255},
 volume = {266},
 number = {5188},
 issn = {0036-8075},
 journal = {Science (New York, N.Y.)}
}
\end{document}

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Johannes_B
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Beitrag von Johannes_B »

Wiedermal scheint Citavi so schön, und schafft doch nur Verwirrung.

Wichtige Hinweise zur Erstellung von Literaturverzeichnissen
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Besserwisser

Beitrag von Besserwisser »

biblatex in den Einstellungen passt nicht zur Verwendung von natbib. Vorteilhaft ist, sowohl in den Einstellungen biblatex zu wählen (was genau genommen nicht biblatex sondern biber statt bibtex einstellt) als auch das Paket biblatex für die Literatur zu verwenden. Bei citavi sollte man dann ebenfalls den Export für biblatex in UTF-8 auswählen. Siehe unbedingt auch die wichtigen Hinweise (TOP-Thema in diesem Forum)!

Übrigens:
  • subfigure ist schon seit Jahren veraltet. Offizieller Nachfolger ist subfig, empfehlenswert ist IMHO subcaption.
  • scrpage2 ist ebenfalls veraltet. Nachfolger ist scrlayer-scrpage.
  • Deine Änderung von \chaptername würde eine Sprachumschaltung nicht überleben. Wie man es richtig macht, steht in der [d]babel[/d]-Anleitung, Abschnitt 3.7.
  • fixltx2e ist seit LaTeX 2015/01/01 veraltet und überflüssig.
  • Die bib-Datei fügt man nicht direkt in das Dokument ein. Die wird stattdessen bei Verwendung von natbib mit \bibliography an der Stelle angegeben, an der das Literaturverzeichnis stehen soll. Verarbeitet wird sie dann mit bibtex. Bei Verwendung von biblatex gibt man sie stattdessen mit \addbibresource in der Dokumentpräambel an und gibt das Literaturverzeichnis dann mit \printbibliography im Dokument aus. Verarbeitet wird die bib-Datei dann vorzugsweise mit biber. Siehe dazu auch die wichtigen Hinweise oder eine moderne LaTeX-Einführung.

Gast

Beitrag von Gast »

Danke für die Antworten,

ich habe mir alles genauestens durchgelesen, fühle mich aber ein wenig verwirrt und überfordert (sorry, bin LaTeX Neuling)

Ich habe nun natbib durch biblatex ersetzt (also tatsächlich das Wort in der Präambel rausgelöscht und neu geschrieben) jetzt steht da \usepackage{biblatex} außerdem den veralteten \bibliographystyle durch \addbibresource{Literatur.bib} ersetzt.
In meinem Dokument (also nach \begin{document}) habe ich dann an die entsprechende Stelle \printbibliography gesetzt.

Des Weiteren habe ich in TeXstudio die beiden Einstellungen für biber gemacht.

Aber irgendwie bekomme ich nach dem Kompilieren nur Fehlermeldungen. Bei \printbibliography steht "empty bibliography" und TeXstudio gibt mir die Warnungen
Undefined control sequence \begin{document}
Package biblatex Error: File 'Dissertation.bbl' not created by biblatex \begin{document}
No "backend" specified, using Biber backend.
'babel/polyglossia' detected but 'csquotes' missing.
und weitere.

Kann es sein, dass ich tatsächlich etwas aktiv herunterladen und aktivieren muss? Oder muss ich anders oder mehrmals kompilieren?

bei der bib Datei die ich aus Citavi exportiert habe hatte ich irgendwann mal (auch nach vielen Mühen) herausgefunden wo man UTF-8 einstellt. Das müsste also noch so sein. Ich habe leider vergessen wo ich das nochmal nachschauen und ggf. nochmal neu einstellen kann. Wenn es also daran liegt muss ich wohl nochmal in Citavi-Foren schauen.

Ich vermute aber fast, dass ich mich mit LaTeX dumm anstelle. :(

Vielen Dank übrigens auch für die Hinweise auf meine veralteten Pakete. Die hatte ich mir auch in irgendwelchen Foren zusammengelesen. Hätte ich mehr Zeit, würde ich alles umstellen, aber da im Moment alles soweit läuft (bis auf die Literatur) möchte ich kein Risiko eingehen. Ich werde es mir aber für mein nächtes LaTeX-Projekt merken.

Wisst ihr vielleicht noch, was ich falsch mache?

Gast

Beitrag von Gast »

Ach ja, es hieß in einem Dokument auch man müsste biber duch Drücken von F11 aktiv starten.
Wenn ich das mache erhalte ich folgende Meldung:
Befehl konnte nicht gestartet werden: biber "Dissertation"

Also stimmt doch etwas mit biber nicht ober mit biber und bibLaTeX?

*verzweifel* :(

Gast

Beitrag von Gast »

Wenn Du Deinen Editor richtig für Biber eingestellt hast (siehe http://www.texwelt.de/wissen/fragen/1909/wie-verwende-ich-biber-in-meinem-editor), dann könnte das Problem daran liegen, das Du Biber gar nicht installiert hast.

Bei MikTeX kannst Du zur Installation den Package Manager nutzen (http://docs.miktex.org/manual/pkgmgt.html http://docs.miktex.org/faq/packages.html), das gesuchte Paket heißt miktex-biber-bin, gib in der Suche einfach "Biber" ein.

Danach solltest Du ein Update machen, damit die Versionen von biblatex und Biber zusammenpassen. Wie das geht steht in How should one maintain and update a MiKTeX installation?, beachte, dass es einen Admin- und einen User-Modus gibt, eventuell musst Du mit beiden das Update durchführen.

Jetzt solltest Du in der Lage sein, ein erstes Dokument mit biblatex erfolgreich zu kompilieren. Das folgende Beispiel benötigt keinerlei Anpassungen, die .bib-Datei ist bei einer korrekten Installation von biblatex auf Deinem Rechner vorhanden und wird automatisch gefunden.
\documentclass{article}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{biblatex-examples.bib}
\begin{document}
\cite{sigfridsson}
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}
Um Dein Dokument zum Laufen zu bringen, musst Du wahrscheinlich zusätzlich noch die temporären Dateien löschen. Besonders die mit der Endung .aux, .bcf und .bbl müssen weg.

Besserwisser

Beitrag von Besserwisser »

Paketmanager (bei MiKTeX ggf. die Admin-Version) starten und das Paket biber installieren. Ggf. kann es dann passieren, dass das neu installierte biber zu alt für das bereits installierte biblatex ist. Also die Gelegenheit nutzen, um min. dieses Paket zu aktualisieren (bei MiKTeX ggf. im Admin-Updatemanager und zusätzlich im User-Updatemanager). Generell ist es keine dumme Idee, vor einem neuen Projekt, alle Pakete zu aktualisieren.

Mehr lässt sich ohne Minimalbeispiel und sehr genauen Angaben zum Vorgehen und den Einstellungen des Editors schwer sagen.

Gast

Beitrag von Gast »

Vielen Dank für eure Bemühungen,

ich hoffe dass das jetzt als Minimalbeispiel taugt. Wobei ich ja dann das .bib file irgendwie anhängen müsste, oder?
Bei mir bekomme ich jedenfalls beim Minimalbeispiel die gleichen Fehlermeldungen und kann es nicht kompilieren.
Ich habe den MikTex Manager gestartet und sowohl den package manager als auch den package manager (admin) geöffnet, aber ich kann keine Datei mit dem Namen miktex-biber-bin finden. Oder auch nur biber. Weder mit der Suchfunktion noch von hand. Bin ich zu blöd?

Wenn ich versuche bei mir das Minimalbeispiel laufen zu lassen bekommen ich unter anderem die Fehlermeldung
No file Minimalbeispiel.bbl. und 'babel/polyglossia' detected but 'csquotes' missing.
außerdem Empty bibliography

Tut mir leid, ich weiß nicht, wie ich euch ein Minimalbeispiel erstellen kann mit dem ihr was anfangen könnt. :(

Das ich die Dateien mit den endungen aux, bbl und so weiter entfernen müsste ist ein guter Hinweis. Das bringt aber wohl erst was wenn ich sicher bin biblatex und biber richtig installiert zu haben.

Den Editor habe ich auf jeden Fall genau nach dieser Anleitung für biber eingestellt. Und ich habe inzwischen auch schon wieder gefunden wo ich in Citavi utf-8 eingestellt hatte. Das ist also auf jeden Fall drin.
\documentclass[a4paper,12pt,headsepline, plainheadsepline]{book} 
\usepackage[section]{placeins}
\usepackage[english]{babel}
\AtBeginDocument{\renewcommand{\chaptername}{}} 

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc} 
\usepackage{caption} 
\usepackage{float} 
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{subfigure} 
\usepackage{longtable} 
\usepackage{tabularx} 
\usepackage{array} 
\usepackage{fixltx2e} 
\usepackage[normalem]{ulem} 
\usepackage{scrpage2} 
\pagestyle{scrheadings} 
\clearscrheadfoot 
\ohead{\headmark} 
\cfoot[\pagemark]{\pagemark} 
\automark[chapter]{section} 
\usepackage[font=footnotesize]{caption} 
\usepackage{titlesec} \titleformat{\chapter}{\bfseries\Huge}{\thechapter\quad}{0em}{} 
\usepackage{pdfpages} 
\usepackage{ltxtable} 
\usepackage{hhline} 
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{Minimalbeispiel.bib}
\usepackage{setspace} 
\onehalfspacing 


\begin{document} 
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}
:( :(

Besserwisser

Beitrag von Besserwisser »

Du hast den Minimalbeispiel-Link nicht beachtet, dort steht nämlich auch, wie du das mit der bib-Datei machen sollst, damit das Beispiel vollständig wird.

Wenn im Paketmanager biber nicht zu finden ist, dann wurde vermutlich das Repository schon lange nicht mehr aktualisiert bzw. neu geladen. Das geht AFAIK über das Menü "Repository". Ggf. auch mal das Repository wechseln, wenn das neu Laden alleine nicht genügt.

Theoretisch könntest du natürlich auch noch MiKTeX ≤ 2.8 statt dem aktuellen MiKTeX 2.9 verwenden. Das wäre dann aber extrem alt. Deshalb halte ich das für eher unwahrscheinlich.

Besserwisser

Beitrag von Besserwisser »

PS: Literaturverzeichnis gibt es nur, wenn im Dokument min. ein \cite oder \nocite bzw. eine Abart von \cite verwendet wird, was in deinem unvollständigen Beispiel nicht der Fall ist.

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