Nabend,
Erstens: \appendix ist keine Umgebung! Der Anhang wird einfach mit diesem Schalter eingeleitet. Was sollte denn auch nach dem Anhang noch kommen?? Siehe dazu auch das l2tabu.pdf
Zweites verhält sich LaTeX ganz genau, wie es sollte. Tabellen und Abbildungen sind zweierlei und haben auch zwei unterschiedliche Zähler. Die Eindeutigkeit soll ja nicht durch die Nummer „A.1“ geben sein sondern durch „Abbildung A.1“.
Wenn du es trotzdem so machen willst, dann hilft die dieses:
\documentclass[12pt,a4paper, ngerman]{scrreprt}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{blindtext}
\newcommand{\zumtesten}{%
\chapter{Kapitel}
\blindtext
\begin{figure}
\rule{5cm}{5cm}
\caption{Testbild}
\end{figure}
\begin{figure}
\rule{5cm}{5cm}
\caption{Testbild}
\end{figure}
\blindtext
\begin{table}
Test-Tabelle
\caption{Zum Testen}
\end{table}
\begin{table}
Test-Tabelle
\caption{Zum Testen}
\end{table}
\blindtext
}
\begin{document}
\listoffigures
\listoftables
\zumtesten
\zumtesten
\zumtesten
%%%%%%%%%%%%%%%%
\appendix
% Jetzt kommts:
\makeatletter
\let\c@figure\c@table
\makeatother
\zumtesten
\zumtesten
\zumtesten
\zumtesten
\zumtesten
\end{document}
Wobei da die Art der Nummerierung ert im Anhang geändert wird – das finde ich noch seltsamer aber so hab ich dich verstanden. Wenn es Im ganzen Dokument sein soll, musst du
\makeatletter
\let\c@figure\c@table
\makeatother
in die Präambel schreiben. Ich weiß aber nicht, welche weiteren Auswirkungen das so haben kann, also geniße diese Lösung – wenn überhaupt – mit Vorsicht. Gefunden hab ich das
hier im Forum.
Und zum Schluss. Gewöhne dir an, immer

vollständige, lauffähige Minimalbeispiele zu liefern. Eine Anleitung dazu gibt’s im Foren-Wiki.
Und noch was zu deinen Code-Fetzen:
\setcounter{secnumdepth}{1} %gibt ein A vor der Durchnummerierung an
Dein Kommentar dazu stimmt nicht! Dieser Zähle gibt an, bis zu welcher Ebene durchnummeriert wird, wenn er auf 1 steht werden afaik nur die Kapitel nummeriert alle tieferen Ebenen bekommen dann keine Nummer mehr.
Um Abbildungen zu centrieren verwndet man \centering und nicht die Umgebung center, weil diese ungewollte Abstände einfügt, die du dann durch deine seltsamen parskip konstruke wieder auszugleichen versuchst. Und warum du \parindent in der centering-umgebung änderst ist mir ein echtes Rätsel; was willst du damit bezwecken?
Siehe dazu ebenfalls l2tabu.pdf
Grüße,
Tobi