Vielen Dank für eure Tipps.
Nachdem ich die Befehle mehrmals in ein neues Dokument kopiert habe, hat es schlussendlich doch noch funktioniert.
Scheint am Programm gelegen zu haben.
Die aktuelle Version von glossaries bietet übrigens mit Option automake die Möglichkeit die Glossare automatisch mit makeindex erzeugen zu lassen. Man spart sich damit den expliziten Aufruf von makeglossaries. Das macht meist einiges leichter.