Ich habe gerade MikText und das TeXlipse 1.5.0 plugin für Eclipse installiert.
Hier kann man auf dem Foto die Builder-Settings sehen:

Ich bekomme folgende Fehlermeldung wenn ich es builden will:

Ich bekomme in Eclipse auch eine Fehlermeldung, da steht: "Emergency stop.\end{document}(followed by:)

Ich habe schon viel gegoogelt und viel ausprobiert, jedoch besteht das Problem noch immer.
mfg nob