Biber erstellt keine Bibliographie

[cgnieder]

Vielleicht ist die bib-Datei fehlerhaft? Passiert es immer bei den gleichen neuen citations?

[AnjaM]

Nein, denn diese Vermutung hatte ich auch, deshalb habe ich das eine Kapitel wieder rauskommentiert und dafür ein drittes hinzugenommen (mit wiederum anderen Zitierungen). Es lief genauso ab. Und wenn diese Fehler erstmal da sind, hilft auch das Auskommentieren des gesamten Textes nicht, es wird also noch nicht mal eine leere Datei mehr erstellt. Es muss wieder die Präambel aus- und schrittweise wieder reinkommentiert werden, zusätzlich lösche ich den Ordner im Temp-Ordner und alle Hilfsdateien, damit es wieder funktioniert. Danach wird einmal eine ordentliche Bibliographie mit biber erstellt, doch bei weiteren Durchläufen mit neuen Zitierungen tritt erneut das Problem auf.

Dieselbe .bib-Datei läuft mit backend=bibtex8 einwandfrei, nur habe ich dann das Problem, dass die Kodierung von Sonderzeichen falsch ist. Deshalb glaube ich nicht, dass es an der .bib-Datei liegt.
Zudem wird die .bcf-Datei ja von pdfLaTeX erstellt, das Problem tritt also noch vor Aufruf von biber auf.

[cgnieder]

Geht es irgendwie, ein Minimalbeispiel zu erstellen, mit dem sich der Fehler reproduzieren lässt?

[AnjaM]

Nach langem Herumprobieren auf der Suche nach einem Minimalbeispiel habe ich diesen Fehler nach dem Einfügen von

\nocite{*}

reproduzieren können. Das heißt, es wird wohl doch an irgendeinem Eintrag aus der .bib-Datei liegen. Nur wie finde ich bei über 200 Einträgen heraus, an welchem/welchen davon es liegt?

[cgnieder]

Wenn Du Pech hast: alle einzeln testen... wahrscheinlich könnte man dafür ein Skript schreiben, aber da bin ich der falsche Ansprechpartner.

Ich würde erstmal ein MWE wie

\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage[backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{<blabla>.bib}

\begin{document}

\nocite{*}

\printbibliography

\end{document}

laufen lassen und schauen, sobald der Fehler auftritt, ob das pdf einen Hinweis auf den fehlerhaften Eintrag liefert.

Grüße

[AnjaM]

Ok, ich habe das Problem gefunden. In vielen Referenzen wird im Abstact das %-Zeichen verwendet. Ich habe mir eine Referenz rausgepickt und die %-Zeichen entfernt, und schwupps waren die Fehlermeldungen weg. Weißt du evtl., ob es eine Möglichkeit gibt einzustellen, dass das %-Zeichen innerhalb der {}-Klammern in einem Feld nur als ein normales Zeichen interpretiert werden soll?

[cgnieder]

Hast Du ein Beispiel für so einen Eintrag?

PS: ich habe gesehen, dass Du die erste Frage hier auch gestellt hast. Du könntest sie selbst beantworten (oder ich kann das tun), evtl mit einem Hinweis auf diesen Thread hier.

[AnjaM]

Hier ist ein Beispiel:

@article{Li2007,
   author = {Li, Chenwei and Heidt, David G and Dalerba, Piero and Burant, Charles F and Zhang, Lanjing and Adsay, Volkan and Wicha, Max and Clarke, Michael F and Simeone, Diane M},
   title = {Identification of pancreatic cancer stem cells},
   journal = {Cancer Res},
   volume = {67},
   number = {3},
   pages = {1030-7},
   abstract = {Emerging evidence has suggested that the capability of a tumor to grow and propagate is dependent on a small subset of cells within a tumor, termed cancer stem cells. Although data have been provided to support this theory in human blood, brain, and breast cancers, the identity of pancreatic cancer stem cells has not been determined. Using a xenograft model in which primary human pancreatic adenocarcinomas were grown in immunocompromised mice, we identified a highly tumorigenic subpopulation of pancreatic cancer cells expressing the cell surface markers CD44, CD24, and epithelial-specific an Pancreatic cancer cells with the CD44(+)CD24(+)ESA(+) phenotype (0.2-0.8% of pancreatic cancer cells) had a 100-fold increased tumorigenic potential compared with nontumorigenic cancer cells, with 50% of animals injected with as few as 100 CD44(+)CD24(+)ESA(+) cells forming tumors that were histologically indistinguishable from the human tumors from which they originated. The enhanced ability of CD44(+)CD24(+)ESA(+) pancreatic cancer cells to form tumors was confirmed in an orthotopic pancreatic tail injection model. The CD44(+)CD24(+)ESA(+) pancreatic cancer cells showed the stem cell properties of self-renewal, the ability to produce differentiated progeny, and increased expression of the developmental signaling molecule sonic hedgehog. Identification of pancreatic cancer stem cells and further elucidation of the signaling pathways that regulate their growth and survival may provide novel therapeutic approaches to treat pancreatic cancer, which is notoriously resistant to standard chemotherapy and radiation.tigen (ESA).},
   keywords = {Adenocarcinoma/immunology/*pathology
Animals
Antigens, CD24/biosynthesis
Antigens, CD44/biosynthesis
Antigens, Neoplasm/biosynthesis
Disease Models, Animal
Humans
Male
Mice
Mice, Inbred NOD
Mice, SCID
Neoplastic Stem Cells/immunology/*parasitology
Pancreatic Neoplasms/immunology/*pathology
Signal Transduction
Transplantation, Heterologous
Up-Regulation},
   year = {2007}
}

------------

Ich glaube es ist besser, wenn du die Frage dort beantwortest, denn der entscheidende Tipp kam ja von dir.

[cgnieder]

Hmm, das % ist natürlich das Kommentarzeichen. Man müsste den catcode von % nur während des Einlesens der Felder auf 11 oder 12 setzen. Das ist allerdings nicht ganz so einfach, wie ich erst dachte.

So geht's nicht:

\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@article{mycitation,
   author   = {John Doe and Jane Doe}, 
   title    = {The Title of the Thing}, 
   journal  = {Some Imprtant Journal},
   volume   = {1}, 
   number   = {2}, 
   pages    = {4-4}, 
   abstract = {Some text with % in it},  
   year     = {2012} 
}
\end{filecontents}
\documentclass{scrartcl} 
\usepackage[british]{babel} 
\usepackage[utf8]{inputenc} 
\usepackage[T1]{fontenc} 
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage[style=authoryear-comp, maxnames=1, doi=false, url=false, bibencoding=utf8, backend=biber]{biblatex} 
{% \catcode`\%=12 nützt hier nix
\addbibresource{\jobname.bib}}

\begin{document} 

\parencite{mycitation}

% \catcode`\%=12 nützt hier auch nix
\printbibliography
\end{document} 

Wäre es nicht einfach möglich, ein „search & replace“ zu machen und alle „%“ in der bib-Datei durch „\%“ zu ersetzen?

Gruß

[AnjaM]

Ja, das Ersetzen wird wohl letztlich die einfachste, wenn auch nicht die eleganteste Lösung sein. Danke für deine Hilfe!