Du musst auch dafür sorgen, dass deine Dateien so kodiert sin, wie du es inputenc angibst (latin1 = ISO-8859-1). Auch die .bib-Datei.
Ich bin grad nicht sicher, ob bibtex derart utf8-Kodierten Dateien umgehen kann. Eventuell musst du auf biber umsteigen.
Nachtrag:
Folgendes Beispiel kompiliert mit
pdflatex dateiname
biber dateiname
pdflatex dateiname
ohne Probleme und zeigt das gewünscht Ergebnis.
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@MISC{misc,
title = {ì ñ é }
}
\end{filecontents}
\documentclass{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{\jobname.bib}
\begin{document}
\cite{misc}
\printbibliography
\end{document}
Wenn dir das nicht Hilft ist es wohl auch für dich an der Zeit ein Minimalbeispiel zu erstellen (siehe Sepps Signaur)