Das hat mit Windows reichlich wenig zu tun. Der Zeichensatz wird vom verwendeten Editor bestimmt. Jeder halbwegs gute Editor kann heutzutage so ziemlich jeden Zeichensatz Mittlerweile auch unter Windows. Latin 1 oder ISo 8859-1 ist nur meistens der Standard Zeichensatz unter Windwos. Das hat aber historische Gründe.
http://de.wikipedia.org/wiki/ISO_8859-1
Zu deinem eigentlichen Problem:
Der Zeichensatz ist der Vorrat an Elementen zur Darstellung von Zeichen. Diese sind unterschiedlich kodiert. (Wenn du so willst auf ganz niedriger Ebene als Binär Code 00110011....). Der Zeichensatz ordnet nun jedem Codierung ein darzustellendes Zeichen zu. Das kann man sich als Liste vorstellen, die einen Code (binär oder Hex etc. ) einem Zeichen zuordnet. Von diesen Listen gibt es sehr viele, die allerdings untereinander nicht vollständig Kompatibel ist. Das wird uns Deutschen besonders bei den Umlauten schnell klar. Am Anfang eines Textfiles steht immer eine Zeile, die angibt in welcher Codierung die Datei gespeichert ist. Öffnest du nun die Datei mit der Vorgabe an den Editor einen anderen Zeichensatz zu verwenden, wirst du merken, dass einige Zeichen falsch dargestellt sind.
inputenc macht nun die TeX Maschine auf den anzuwendenden Zeichensatz aufmerksam. Du kannst die Umlaute etc. so in Klartext eingeben.
fontenc teilt der Maschine mit, aus welchem der verfügbaren Vorräte es die Zeichen nehmen soll. Wir erinnerun uns: duch inputenc weiß TeX dass es sich um ein ß oder ein ö handelt. fontenc sagt nun TeX, dass es T1 verwenden soll und die Umlaute aus einem festgelegten Vorrat an "Bildern" der Buchstaben, wenn du so willst, nehmen kann. Gibst du ihm das nicht, dann verwendet er OT1 worin es kein Ö zB gibt. TeX weiß aber, dass es sich bei dem Stück aus deinem Dokument um ein Ö handeln muss und konstruiert es sodann aus zwei Punkten und einem O.
Bitte lasse das Beispiel von Mechanicus durchlaufen. Ich finde es immer schön am großen Ö zusehen: Die Punkte rücken mit fontenc & T1 deutlich näher an das O und ergeben so ein typographisch besseres (gewünschtes) Bild.
Kurz: bei pdflatex & latex immer die Kombination von inputenc und fontenc verwenden. Dann hast du 1. die richtigen Zeichen und 2. diese Zeichen auch typographisch korrekt. *
Deine Annahme fontenc und inputenc würden in Konkurrenz stehen ist somit nicht richtig.
PS: ich würde im Übrigen dazu raten latin1 zu nehmen, da im Normalfall Windowsuser (<= XP) nicht wissen, wie sie mit uft8 umzugehen haben. Zudem binden ich immer lmodern ein.
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* Es gibt auch andere Pakete wie selinput für uft8, darauf gehe ich jetzt aber nicht ein.
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