Wie auch immer,deine x-Werte sind ja auch kleiner als 1, also musst du die x-Achse anders wählen. Das geht:
\documentclass{article}
\usepackage{pst-plot}
\begin{document}
\psset{unit=3}
\begin{pspicture}(-1,-3)(2,1)
\psaxes[logLines=all,subticks=5,xylogBase=10,Oy=-3,Ox=-1](-1,-3)(2,1)
\pstScalePoints(1,1){ dup 0 eq { pop -1.e30 }{ log } ifelse}
{ dup 0 eq { pop -1.e30 }{ log } ifelse}
\readdata{\Data}{average-energy-time_5.txt}
\listplot[plotstyle=dots]{\Data}
\end{pspicture}
\end{document}
Ich glaube ganz langsam verstehe ich.
Also die Begrenzung der Achsen \psaxes[..](x1,y1)(x2,y2) beschreibt bei logLines nicht mehr die numerischen Werte, sondern die Potenzen, ja?
Aus dem Grund sollte auch bei den Optionen Ox und Oy mit x1 und y1 übereinstimmen?
Was ich jetzt nicht ganz verstehe, wieso die pspicture - Umgebung auch auf die Koordinaten angepasst wird.
Zunächst sind es doch Koordinaten bei \begin{pspicture}(xMin,yMin)(xMax,yMax), doch auf der anderen Seite auch die Anzahl an 'Einheiten' bzw. 'units'.
Denn was ich ganz gerne mache, ist mir erstmal eine pspicture Umgebung zu schaffen und mir dann mittels \psgrid ein Koordinatensystem hineinzulegen, dass ich weiß wo meine Objekte zu plazieren sind. Für eine breite DINA4 Seite z.B.
\begin{pspicture}{0,0)(11,6)
\psgrid[griddots=5,subgriddiv=0]
\end{pspicture}
Und wenn ich den Graphen hineinlegen möchte, dann setze ich bei (1,1) das Objekt an:
\begin{pspicture}{0,0)(11,6)
\psgrid[griddots=5,subgriddiv=0]
\rput[lb](1,1){%
%Inhalt
}
\end{pspicture}
Doch das knallt dann mit den Achsen von
\psaxes[logLines=all,subticks=5,xylogBase=10,Oy=-3,Ox=-1](-1,-3)(2,1)
Gruß,
Klaus.