Die Anmerkung verstehe ich nicht. Es gibt kein longtable*-Template in acro….
Allerdings ignoriert das Standard-Template in der Tat, dass longtable \refstepcounter{table} macht. Das sollte korrigiert werden, zum Beispiel, in dem man am Ende des Templates den Zähler wieder zurücksetzt:
\NewAcroTemplate[list]{custom}{% \AcroNeedPackage {array,longtable}% \acronymsmapF{% \AcroAddRow{% \acrowrite{short} & \acrowrite{list} \tabularnewline }% }{\AcroRerun}% \acroheading % \addcontentsline ... \setlength{\LTleft}{0pt}% \par\noindent \begin{longtable}{@{}>{\bfseries}lp{.7\linewidth}} \AcronymTable \end{longtable}% \addtocounter{table}{-1}% }