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Chemische Stukturformel

Verfasst: Mi 11. Dez 2019, 12:33
von _ME_
Hey,

ich versuche mich zur Zeit an Chemischen Strukturformeln und will eigentlich DBCO-Cy3 (siehe bild) darstellen und ne Reaktion damit zeigen, darum geht es auch nicht nur das Bild zu nehmen.
Mein Problem ist jetzt das sich bei dem N+ der Winkel in die falsche Richtung bewegt und so es nicht ganz richtig ist.

\chemfig{*8(-*6(-=-=-=)=-N(-[-1](=[-2]O)-[1]-[-1]-[1] NH-[-0.5](=[-1]O)-[1]-[3]-[1]-[3]-[1]-[3] N^+*5(---*6(--(-S-O)----)--) )--*6(-=-=-=)--~-)}

kann man das irgendwie abändern?

Verfasst: Sa 14. Dez 2019, 01:20
von M0M0
Deine Bindungen haben Winkel von 90 ° zueinander, erzeugt durch [1] und soweiter. Verwende stadtdesssen 60 °, [:60] [:-60] bzw. [::60] [::-60] und dann sollte alles passen. Genaue Erklärung findest du in der Dokumentation des Chemfig Paketes um deren Lektüre du sowieso nicht herumkommst wenn du das Paket sinnvoll verwenden willst.

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 08:32
von _ME_
Hey,

das beantwortet so wie ich das verstanden hab nur meine Frage nicht wirklich. Das [1] einen 90° Winkel erzeugt ist mir schon bewusst und auch gewollt. Es geht mir nur um den 5-Ring vom N+, wo ich ja keinen Winkel vermerkt hab und auch irgendwie nicht so richtig kann. Die Struktur bei N+ (mit dem 5 und 6 ring) soll nicht nach "unten" sondern eher nach "oben" zeigen, so wie es halt eigentlich richtig ist (siehe bild).

Code: Alles auswählen

\documentclass[17pt]{article}
\usepackage{chemfig}

\begin{document}

\chemfig{*8(-*6(-=-=-=)=-N(-[-1](=[-2]O)-[1]-[-1]-[1] NH-[-0.5](=[-1]O)-[1]-[3]-[1]-[3]-[1]-[3] N^+*5(---*6(--(-S-O)----)--) )--*6(-=-=-=)--~-)}

\end{document}
[/code]

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 10:12
von M0M0
In dem Bild werden 60° Winkel (wie auch allgemein üblich) verwendet. Die dort gezeigte Struktur ist auch richtig. Das Verwenden von 90° Winkel kann also niemals diese Struktur erzeugen und ist auch absolut unüblich, weil chemisch einfach falsch.

Wenn ich dich richtig verstehe möchtest du also in deiner C-Kette 90° Winkel haben und dann den Ring am N Atom mit einem sehr unüblichen (und chemisch falschen) Winkel so ausrichten, dass der entsprechende Ring sozusagen parallel zu Grundlienie deiner Zeichnung ist?

Am einfachsten lädst du ein Bild hoch wie du es wirklich willst, also mit 90° Winkeln in der Kette und dem deiner Meinung nach korrekt ausgerichtet N-Ring, damit ich weiß was du möchtest.

Ansonsten gilt: Das von dir hochgeladene Bild zeigt die korrekte Struktur, daher würde ich es auch so (also mit 60° Winkeln) zeichnen. Solltest du wirklcih die 90° Winkel haben sollte das zwingend einen guten Grund haben.

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 12:04
von _ME_
hey,

ich weiß schon das die 90° Winkel falsch sind, war bloß halt zur groben Übersicht erst mal leichter. Hab das auch jetzt grob korrigiert.

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\chemfig{*8(-*6(-=-=-=)=-N(-[:340](=[-2]O)-[:30]-[:340]-[:30] NH-[:340](=[-1]O)-[:60]-[:120]-[:60]-[:120]-[:60]-[:120] N^+*5(=--*6(-=(-S-O)-=-=)--) )--*6(-=-=-=)--~-)}

Ich hab bloß nach wie vor das Problem das das 5-6Ring Konstrukt mit dem N+ schräg liegt im Vergleich zum Original.

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 12:49
von M0M0

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\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
	\chemfig{*8(-*6(-=-=-=)=-N(-[:340](=[-2]O)-[:30]-[:340]-[:30] NH-[:340](=[-1]O)-[:60]-[:120]-[:60]-[:120]-[:60]-[:120]N^+*5([::-12]=--*6(-=(-S-O)-=-=)--) )--*6(-=-=-=)--~-)}
\end{document}
War jetzt aber auch nicht so schwer...

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 13:23
von _ME_
Tut mir leid, bin absoluter Anfänger und nie drauf gekommen da irgendeinen Winkel in die Klammer zu schreiben. Weis auch nicht warum. Dankeschön auf jedenfall.

Verfasst: Mo 16. Dez 2019, 13:24
von _ME_
Tut mir leid, bin absoluter Anfänger und nie drauf gekommen da irgendeinen Winkel in die Klammer zu schreiben. Weis auch nicht warum. Dankeschön auf jedenfall.