Minimalbeispiel:
\documentclass[10pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[version=4]{mhchem}
\begin{document}
\section{Aufgabe}
Hier steht der Text zur 1. Aufgabe.\\
Reaktionsgleichungen:
\begin{equation}
\ce{A + B -> C}
\end{equation}
\begin{equation}
\ce{C + D -> E}
\end{equation}
Diese Gleichungen sollen mit (I) und (II) nummeriert werden.\\
Normale Gleichungen:
\begin{equation}
x + y = p - q
\end{equation}
\begin{equation}
p = K + r
\end{equation}
Diese Gleichungen sollen mit (1) und (2) nummeriert werden.
\section{Aufgabe}
\setcounter{equation}{0}
Hier steht der Text zur 2. Aufgabe.\\
Reaktionsgleichung:
\begin{equation}
\ce{F + G -> H}
\end{equation}
Diese Gleichung soll jetzt wieder mit (I) nummeriert werden.\\
Normale Gleichung:
\begin{equation}
z = a + b
\end{equation}
Diese Gleichung soll jetzt wieder mit (1) nummeriert werden.
\end{document}

