Was ist "das ganze"? Ich wollte wissen, ob der von Dir oben gezeigte Code, das gewünschte (korrekte) Ergebnis gibt. Bei Deinem eigentlichen Dokument wird es wahrscheinlich nicht helfen, es einfach ein einem neuen Ordner zu probieren, da es hier sehr wahrscheinlich nicht um ein Problem mit den temporären Dateien geht.
In der Anleitung zum
Minimalbeispiel ist ganz gute erklärt, wie man die Datei herunterbrechen kann. Nimm eine Kopie Deines nicht funktionierenden Dokuments in einem neuen, leeren Ordner. Zunächst solltest Du den Inhalt (Text, Formeln etc., alles zwischen \begin{document}...\end{document}) soweit minimieren wie möglich, dass das Problem noch sichtbar ist. (Das scheinst Du schon hinbekomen zu haben, wenn ich Deinen letzten Beitrag korrekt interpretiere. ) Dann machst Du das gleiche mit der Präambel: Wirf so viel heraus wie möglich, sodass das Problem sichtbar bleibt. Als erstes kommen die Einstellungen und andere (Re-)Defintionen dran. Entferne so viel wie nur möglich. Dann kannst Du Dir Pakete vornehmen, die "offensichtlich" nichts mit dem Problem zu tun haben (oder zumindest sollten). Bei Problemen im Mathemodus wären Pakete für Tabellen, Randgröße, Index, Literaturverzeichnisse, ... Kandidaten, die man zuerst versucht weg zu bekommen, da sie sehr wahrscheinlich für das Problem unerheblich sind. Dann kommen die spannenderen Pakete zu Schriften und Mathemodus dran.
Am Ende solltest Du ein Beispiel haben, was über den Daumen gepeilt etwa drei Pakete mehr lädt als das Beispiel vom Anfang, ein paar Zeilen Definitionen besitzt und damit das Problem reproduziert.