Noch so ein Code aus der Hölle. luainputenc ist ein Notfallpaket, falls man Legacy-Font-Pakete verwenden muss und diese nur damit funktionieren. Man sollte es jedoch nicht verwenden, wenn man Fonts per fontspec setzt. Du solltest es also weglassen. Wenn Fonteinstellungen nicht Teil des Problems sind, sollte man sie bei einem Minimalbeispiel ebenfalls weglassen.
geometry nur zu laden, um per Option \marginpar auf Null zu setzen, ist unsinnig. Wenn man Randnotizen verwendet, ist die Einstellung eher schlecht, und wenn man sie nicht verwendet, ist sie sinnlos. Also noch etwas zum Weglassen.
Die Verwendung von \restoregeometry, ohne dass die Randeinstellungen zuvor verändert werden, ist ebenfalls sinnlos.
Korrekter Weise zählt man die Titelseite mit. Siehe dazu: Welche Seitenzahl hat das Inhaltsverzeichnis?
Eigentlich sind die römischen Seitenzahlen ein historisches Überbleibsel und heute ohne jeden Sinn. Siehe dazu: Römische Seitenzahlen im Vorderteil (und im Endteil)? Wenn man sie verwendet, ist ein \setcounter{page}{0} nach \pagenumbering sinnloser Unfug, weil \pagenumbering bereits die Seitenzahl zurücksetzt, wie in der KOMA-Script-Anleitung explizit erklärt. Und bei doppelseitigen Dokumenten wäre \clearpage vor \pagenumbering zu wenig, weshalb man sich gleich \cleardoubleoddpage angewöhnen sollte.
Das \pagebreak vor \chapter{Kapitel 1} ist ebenfalls totaler Unfug. \pagebreak wird in den meisten Fällen übrigens ohnehin falsch verwendet. Meist ist an den Stellen \clearpage die richtige Wahl. An der Stelle ist es aber ohnehin nicht sinnvoll.
\\ im Text oder gar nach einer Gleitumgebung ist totaler Unsinn! Absätze macht man mit \par oder Leerzeile. Wenn man keinen Absatzeinzug will, verwendet man Klassenoption parskip. Näheres zu der Option findet man in der KOMA-Script-Anleitung.
Bezüglich \Seitenhack kann ich nur sagen dass du unvollständig kopiert hast. Das kann so jedenfalls nicht funktionieren. Da du dummerweise keinen Link auf die Quelle angegeben hast gehe ich davon aus, dass es sich um https://golatex.de/viewtopic.php?p=15112#p15112 handelt. Wenn man die dortige Definition von \Seitenhack komplett kopiert, dann funktioniert das auch für ein mehrseitiges Inhaltsverzeichnis. Warum \Seitenhack nicht auch noch für das Abbildungsverzeichnis und das Tabellenverzeichnis funktioniert, hat KOMA in der Diskussion dort eigentlich auch erklärt. Im Prinzip ist damit auch erklärt, dass man \Seitenhack vor jedem Verzeichnis neu definieren muss. Mit einem aktuellen KOMA-Script beispielsweise in Abwandlung der dortigen Lösung und unter Reduktion deines Beispiels:
\documentclass[paper=a4,usegeometry,fontsize=11bp,headings=optiontoheadandtoc,bibliography=totoc,listof=leveldown,index=totoc]{scrreprt}
\usepackage[headsepline,footsepline]{scrlayer-scrpage}
\usepackage{blindtext}
\clearpairofpagestyles
\chead{\headmark}
\ofoot{\pagemark}
\ihead{Einseitiges Dokument}
\ohead{Autor}
\usepackage[ngerman]{babel}
%% Seitenhack von https://golatex.de/viewtopic.php?p=15112#p15112 abgewandelt
%% unter Verwendung eines aktuelleren KOMA-Scripts
\usepackage{afterpage}
\newcommand*{\Seitenhack}{}
\BeforeStartingTOC{%
\renewcommand*{\Seitenhack}{%
\hspace*{\fill}\pagename\par\medskip%
\afterpage{\Seitenhack}%
}%
\Seitenhack
}
%% Ende Seitenhack
\begin{document}
\pagenumbering{Roman} % Römische Seitenzahlen im Vorderteil (auch wenn wenig sinnvoll)
\begin{titlepage}
\author{Test Autor}
\title{Titel Titelseite}
\date{}
\maketitle
\end{titlepage}
\tableofcontents
\chapter[nonumber=true]{Abbildungs- und Tabellenverzeichnis}
\listoftables
\cleardoubleoddpage
\pagenumbering{arabic}
\renewcommand*\chapterpagestyle{scrheadings}% Nicht zu empfehlen!
\chapter{Kapitel 1}
\section{Unterthema}
\subsection{UnterUnterthema1}
\blindtext
\makeatletter\@whilenum \value{table}<40\do {%
\captionof{table}{Beispieltabelle Nummer \thetable}%
}\makeatother
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\end{document}
Fügt man jetzt allerdings auch noch das bei dir deaktivierte Abbildungsverzeichnis wieder ein, dann sieht man, dass dadurch auf der Seite zweiten Seite des Tabellenverzeichnisses zweimal Seite steht. Das liegt daran, dass dann zweimal \afterpage{\Seitenhack} ausgeführt wird, nämlich einmal aus den \Seitenhack des Abbildungsverzeichnisses und einmal aus dem des Tabellenverzeichnisses. Auf der anderen Seite ist es wenig sinnvoll, die beiden Verzeichnisse unter einer gemeinsamen Überschrift zusammen zu fassen, wenn sie mehrere Seiten haben. Und
\documentclass[fontsize=11bp,headings=optiontoheadandtoc,bibliography=totoc,index=totoc]{scrreprt}
\usepackage[headsepline,footsepline]{scrlayer-scrpage}
\usepackage{blindtext}
\clearpairofpagestyles
\chead{\headmark}
\ofoot{\pagemark}
\ihead{Einseitiges Dokument}
\ohead{Autor}
\usepackage[ngerman]{babel}
%% Seitenhack von https://golatex.de/viewtopic.php?p=15112#p15112 abgewandelt
%% unter Verwendung eines aktuelleren KOMA-Scripts
\usepackage{afterpage}
\newcommand*{\Seitenhack}{}
\BeforeStartingTOC{%
\renewcommand*{\Seitenhack}{%
\hspace*{\fill}\pagename\par\medskip%
\afterpage{\Seitenhack}%
}%
\Seitenhack
}
%% Ende Seitenhack
\begin{document}
\pagenumbering{Roman} % Römische Seitenzahlen im Vorderteil (auch wenn wenig sinnvoll)
\begin{titlepage}
\author{Test Autor}
\title{Titel Titelseite}
\date{}
\maketitle
\end{titlepage}
\tableofcontents
\listoffigures
\listoftables
\cleardoubleoddpage
\pagenumbering{arabic}
\renewcommand*\chapterpagestyle{scrheadings}% Nicht zu empfehlen!
\chapter{Kapitel 1}
\section{Unterthema}
\subsection{UnterUnterthema1}
\blindtext
\makeatletter\@whilenum \value{table}<40\do {%
\captionof{table}{Beispieltabelle Nummer \thetable}%
\captionof{figure}{Beispielabbildung Nummer \thefigure}%
}\makeatother
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\end{document}
funktioniert.
Zum besseren Verständnis empfehle ich \BeforeStartingTOC in der KOMA-Script-Anleitung und \afterpage in der afterpage-Anleitung nachzulesen und sich dann zu vergegenwärtigen, was \afterpage{\Seitenhack} bewirkt.