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Guten Morgen!
Ich arbeite mit dem Befehl "\addtocontents{toc}{\protect\setcounter{tocdepth}{1}}", damit die Subsections im Anhang nicht ins Inhaltsverzeichnis aufgenommen werden. Allerdings führt das dazu, dass in meiner pdf auch der Hauptteil in der Gliederung links keine Subsections mehr enthält und nur noch die Sections angeklickt werden können. Wie kann man das umgehen?

\documentclass[11pt,fleqn]{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[pdfpagelabels=true]{hyperref}
\usepackage{chngcntr}
\usepackage{apptools}
\begin{document}
\tableofcontents
\section{Überschrift}
Hier steht ganz viel Text.
\subsection{Unterkapitel 1}
Noch mehr Text.
\subsection{Unterkapitel 2}
Noch mehr Text.
\appendix
\section{Anhang}
\markright{Anhang}
\addtocontents{toc}{\protect\setcounter{tocdepth}{-1}}
\subsection{Erster Teil}
\subsection{Zweiter Teil}
\addtocontents{toc}{\protect\setcounter{tocdepth}{1}}
\section{Noch ein Kapitel}
\end{document}

Danke, underCover

Das liegt daran, dass 1 im Verzeichnis für die Ebene section steht.

Wenn Du schon apptools lädst, dann verwende es doch auch. Außerdem wird es in dem Fall leichter, wenn man nicht das global arbeitende \setcounter verwendet:

\documentclass[11pt,fleqn]{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}% Braucht man derzeit noch für Overleaf aber nicht
                           % bei einer aktuellen LaTeX-Installation.
\usepackage{apptools}
\usepackage{hyperref}% Von wenigen Ausnahmen immer das letzte Paket!
\AtAppendix{%
  \addtocontents{toc}{\protect\value{tocdepth}=1\relax}% nur section eintragen
} 
\begin{document}
\tableofcontents
\section{Überschrift}
Hier steht ganz viel Text.
\subsection{Unterkapitel 1}
Noch mehr Text.
\subsection{Unterkapitel 2}
Noch mehr Text.
\appendix
\section{Anhang}
\markright{Anhang}% Eigentlich überflüssig.
\subsection{Erster Teil}
\subsection{Zweiter Teil}
\end{document}

\section sind übrigens keine Kapitel, sondern Abschnitte. Außerdem kann man einen Anhang nicht wieder beenden, deshalb heißt es Anhang und nicht Zwischenhang.

Mit KOMA-Script muss man sich übrigens nicht merken, welche Ebene welche Nummer hat:

\documentclass[11pt,fleqn]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}% Braucht man derzeit noch für Overleaf aber nicht
                           % bei einer aktuellen LaTeX-Installation.
\usepackage{hyperref}% Von wenigen Ausnahmen immer das letzte Paket!
\newcommand*\appendixmore{%
  \addtocontents{toc}{\protect\value{tocdepth}=\string\toclevel@section}%
} 
\begin{document}
\tableofcontents
\section{Überschrift}
Hier steht ganz viel Text.
\subsection{Unterkapitel 1}
Noch mehr Text.
\subsection{Unterkapitel 2}
Noch mehr Text.
\appendix
\section{Anhang}
\subsection{Erster Teil}
\subsection{Zweiter Teil}
\end{document}

BTW: Lies mal: Wie setzt man korrekt einen Anhang?

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