Hallo,
ich bin gerade dabei meine Bachelorarbeit mit Latex zu schreiben. Da ich in meiner Arbeit zu viele Bilder habe, ist das Abbildungsverzeichnis zwei Seiten geworden. Das stört mich aber nicht. Was mich eher stört ist, dass das Layout, wie z. B. Kopfzeile und Fußzeile verändert haben.
Dein Minimalbeispiel (Link beachten) zeigt das Problem nicht und ist somit kein Minimalbeispiel.
Daher nur soviel: die erste Seite des Verzeichnissen ist eine Kapitelstartseite und damit anders formatiert als "normale" Textseiten. Dies führt vermutlich in deinem Beispiel zu den unterschiedlichen Layouts. Sollte in deinem eigentlichen Textteil genau so aussehen.
Mit \pagestyle{...} kannst du die Formatierung beeinflussen:
Wo genau willst Du sie weg haben? Du willst dann auch keine Seitenzahlen? Warum? Seitenzahlen helfen dem Leser bei der Orientierung: Ich will zu Seite 12 – wo bin ich gerade – aha, Seite 5, ich muss also nur 7 Seiten weiter.
scrlayer-scrpage bringt übrigens im Beispiel eigentlich gar nichts. Die vordefinierten Seitenstile der Klassen findet man in der aktuellen KOMA-Script-Anleitung auf Seite 85f. Am besten einmal nachlesen. Auch das Nachlesen von \pagestyle und \thispagestyle in einer ausführlichen LaTeX-Einführung wäre eine gute Idee.
Für die höheren Weihen könnte man sich auch noch mit \AfterTOCHead beschäftigen, falls der Seitenstil von Inhaltsverzeichnis, Tabellenverzeichnis oder Abbildungsverzeichnis vom übrigen Seitenstil abweichen soll. Das ist dann aber eher etwas für die Helfer hier als für einen Anfänger.