hyperref muss vor minitoc geladen werden. Bei mir gibt es trotzdem eine Fehlermeldung.
Hier nochmals das Minimalbeispiel mit geladenem hyperref.
\documentclass[a4paper, toc=flat]{scrreprt}
%% Europäische Zeichensätze laden:
\usepackage[T1]{fontenc}
%% Direkte Eingabe von Umlauten ermöglichen:
\usepackage[utf8]{inputenc}
%% Deutschen Silbentrennung und deutsche Bezeichnungen ermöglichen:
\usepackage[ngerman]{babel}
%% Zum automatischen Generieren von Text für Beispiel.
\usepackage{lipsum}
%% verbatim Umgebung:
\usepackage{verbatim}
%% Ermöglicht comment-Umgebung.
%% Erzeugung von Verlinkungen innerhalb der PDF-Datei,
%% bei Einträgen im Inhaltsverzeichnis und Verweisen.
\usepackage{hyperref}
%% Muss vor dem Paket "minitoc" geladen werden.
%% ermöglicht Inhaltsverzeichnisse für jede Gliederungsebene (mehrere Inhaltsverzeichnisse)
\usepackage[ngerman]{minitoc}
%% Tiefe der jeweiligen Inhaltsverzeichnisse angeben.
\setcounter{parttocdepth}{3}
\setcounter{minitocdepth}{4}
\begin{document}
%\begin{comment}
%% Inhaltsverzeichnisse in von Teilen und Kapiteln werden einheitlich zentriert dargestellt
\RedeclareSectionCommands[%
tocindent=0pt,
tocnumwidth=30pt
]{chapter,section,subsection,subsubsection,paragraph,subparagraph}
%\end{comment}
%% Ermöglicht Inhaltsverzeichnisse für die gewünschten Gliederungsebenen.
%% Paket: minitoc.
%% Inhaltsverzeichnisse für "Teile".
\doparttoc
%% Inhaltsverzeichnisse für "Kapitel".
\dominitoc
\tableofcontents
%% Erzeugt Inhaltsverzeichnis für Kapitel.
%% Nur in Verbindung mit Redeclare notwendig
%% Wird nur bei mir offline (Tex Live 2016 unter Windows 10) benötigt,
%% im Onlineeditor verhindert es die Anzeige eine Inhaltsverzeichnisses für die Gliederungsebene Kapitel.
%\mtcaddchapter
\part{Teil}
%% Erstellt ein Inhaltsverzeichnis des aktuellen "Teiles".
\parttoc
\chapter{Kapitel}
%% Erstellt ein Inhaltsverzeichnis des aktuellen "Kapitels".
\minitoc
\section{Abschnitt}
\subsection{Unterabschnitt}
\subsubsection{Unterunterabschnitt (Subsubsection)}
\paragraph{Paragraf (Paragraph)}
\subparagraph{Unterparagraf (Subparagraph)}
\end{document}