Vor dem Problem pdf-Datein zusammenfassen (und Inhaltsverzeichnis erstellen) stand ich auch. Prinzipiell ist das mit dem Paket "pdfpages" kein Problem, aber es ist mühsam die Quelldatei zu schreiben.
Meine Lösung: Per VBA das Unterverzeichnis auslesen und in ein Tabellenblatt schreiben. In VBA kann dann der eingetragene Dateiname noch auseinander genommen werden, z.B. Position_Inhalt. Danach wird schreibt das VBA-Pogramm eine Latex-Quelle.
Danach wird die Quelle in Latex gestartet - und liefert die gesuchte zusammengefügte pdf, ergänzt um ein klickbares Inhaltsverzeichnis mit den Spalten "Position Inhalt Seitennummer". Wird nachträglich in den Unterordner eine weitere pdf eingeordnet und die bisherigen Seitennummern sollen nicht verändert werden, so wird in die bisherige Leerspalte zwischen Position und Inhalt eingeschoben: ".1 bis .n" wobei n durch die Seitenzahl der eingeschobenen pdf ersetzt wird.
Wegen des Inhaltsverzeichnisses ist ein zweimaliger Lauf in Latex erforderlich, weil Latex beim ersten Lauf erst die notwendigen Informationen sammelt.