Die Anmerkung verstehe ich nicht. Es gibt kein longtable*-Template in acro….
Allerdings ignoriert das Standard-Template in der Tat, dass longtable \refstepcounter{table} macht. Das sollte korrigiert werden, zum Beispiel, in dem man am Ende des Templates den Zähler wieder zurücksetzt:
\NewAcroTemplate[list]{custom}{%
\AcroNeedPackage {array,longtable}%
\acronymsmapF{%
\AcroAddRow{%
\acrowrite{short} &
\acrowrite{list}
\tabularnewline
}%
}{\AcroRerun}%
\acroheading
% \addcontentsline ...
\setlength{\LTleft}{0pt}%
\par\noindent
\begin{longtable}{@{}>{\bfseries}lp{.7\linewidth}}
\AcronymTable
\end{longtable}%
\addtocounter{table}{-1}%
}


