So...
ich habe das Problem gerade mit einem Kollegen geklärt.
Für alle die die gleichen Fragen haben:
Man muss den appendix Befehl nicht umdefinieren. Ich hatte dies getan, da ich mit der scrbook-Klasse trotz des Schalters \appendix nicht das gewünschte Ergebnis erhalten habe. Grund war ein Counter-Reset den ich in der Präamble definiert hatte, der jedoch bei der verwendeten scrbook-Klasse völlig unnötig ist (muss wohl aus einer früheren Version mit einer anderen Dokumentenklasse stammen). Das hat verschiedene Problem bereitet.
Kommentiert man in dem Minimalbeispiel den Redfinition des Appendix-Schalter aus, so funktioniert alles einwandfrei.
In der endgültigen Lösung habe ich die sections zudem mit chapters ersetzt, es funktioniert jedoch auch mit sections.
\documentclass{scrbook}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{ngerman}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfigure}
%Hier stand mal ein Counter-Reset der Figure, erwies sich als Fehlerursache
%UNNOETIG!
%%Anpassen der Nummerierung von Abbildungen und Tabellen z.B. Abb. A.1
% \renewcommand\appendix{\par
% \setcounter{section}{0}%
% \setcounter{subsection}{0}%
% \setcounter{figure}{0}
% \renewcommand\thesection{\Alph{section}}%
% \renewcommand\thefigure{\Alph{section}.\arabic{figure}}}
\begin{document}
\chapter{Hauptteil}
Jetzt funktionieren alle referenzen auf Abbildung \ref{fig:meinLabela}. und Abbildung \ref{fig:meinLabel}.
\appendix
\chapter*{Anhang}
Hier beginnt der Anhang
\chapter{Anhang1}
%=======================
\begin{figure}
\centering
\subfigure[\label{fig:meinLabela}]{\includegraphics[width=.45\textwidth]{meinBilda.eps}}
\subfigure[\label{fig:meinLabelb}]{\includegraphics[width=.45\textwidth]{meinBildb.eps}}
\caption{blub}
\label{fig:meinLabel}
\end{figure}
%========================
\end{document}