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Hier mal ein Minimalbeispiel. Ohne longtable Paket gibt es keine Probleme mit den tabs, aber natürlich ist die Tabelle viel zu lang für eine Seite.

 
%Schriftgröße, Layout, Papierformat, Art des Dokumentes
\documentclass[11pt,oneside,a4paper]{scrartcl}


\usepackage[ngerman, english]{babel}

%Umlaute ermöglichen
\usepackage[utf8]{inputenc}

%Kopf- und Fußzeile
\usepackage{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\renewcommand*{\headfont}{\normalfont\sffamily\bfseries}


\clearscrheadfoot
\automark[section]{chapter}
\ohead{\headmark}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}
%Kopfzeile rechts bzw. außen
\setheadsepline{0.5pt}

%Fußzeile rechts bzw. außen
\setfootsepline{0.5pt}

\usepackage{graphicx}

\usepackage{multirow}
\usepackage[T1]{fontenc}
\newcommand{\RM}[1]{\MakeUppercase{\romannumeral #1{}}}

\usepackage{caption}
\captionsetup{font={footnotesize},labelfont={bf}}

\usepackage{array}
\usepackage{booktabs}

\usepackage{amsmath}
\usepackage{longtable}

%Einstellungen der Seitenränder
\usepackage[left=3cm,right=2cm,top=2cm,bottom=2cm,includeheadfoot]{geometry}

\begin{document}
  

\begin{longtable}{|p{2.5cm}p{2cm}p{2.5cm}p{2.5cm}p{2.5cm}l|}
\caption[<Proportions of adfk alsdfk states>]{<\textbf{Proportions of asdf laskdfj states in \textit{asdf}
 akdsfja}>}
\label{tabphages}
%\begin{tabular}
%\hline 
\rule[-1ex]{0pt}{4ex}
\textbf{adsssssssss} & \textbf{aaaaaaaaaaa}  &  \textbf{$[\boldsymbol\mu$m$]$hhhhddssssss sssss} & \textbf{ffffffffffffff$[\boldsymbol\mu$m$]$} & kkkkkkkkkkkss & \textbf{total number} \\ 
\hline
x & s & f & g & g & h \\
x & s & f & g & g & h \\
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x & s & f & g & g & h \\

X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\
X & S & F & G & G & H \\
X & S & F & G & G & H \\
X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\
X & S & F & G & G & H \\
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X & S & F & G & G & H \\

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D & G & H & J & G & D \\
D & G & H & J & G & D \\
D & G & H & J & G & D \\
D & G & H & J & G & D \\
D & G & H & J & G & D \\
D & G & H & J & G & D \\

\hline
%\end{tabular} 
\end{longtable}

  
\end{document}

Bis jetzt habe ich die Fehlermeldung ! Extra alignment tab has been changed to \cr.
Das gilt für die Verwendung des longtable Pakets, nicht, wenn . Fällt jemandem etwas auf, wo der Fehler liegen könnte?

Ich habe wie auf CTAN im pdf steht
longtable caption commands
\caption{<caption>} Caption `Table ?: <caption>', and a `<caption>' entry in the list of
tables.
\caption[<lot>]{<caption>} Caption `Table ?: <caption>', and a `<lot>' entry in the list of
tables.
\caption[]{<caption>} Caption `Table ?: <caption>', but no entry in the list of tables.
\caption*{<caption>} Caption `<caption>', but no entry in the list of tables.

gemacht, weil zuerst ein Problem mit der Caption angezeigt wurde, jetzt geht es allerdings. Sind die <> notwendig?

Die < und > gehören da nicht hin. Die markieren in Anleitung in der Regel einen Platzhalter.

Dafür fehlt das Zeilenende nach der caption. Der Befehl \caption gehört nämlich bei longtable in eine Tabellenzeile.

Außerdem ist scrpage2 veraltet und sollte durch scrlayer-scrpage ersetzt werden.

Die Anweisung \RM bauchst du vermutlich auch eher nicht und sieht mir sehr nach der Verwendung einer schlechten Vorlage aus.

Zeigen kann ich das leider im Augenblick nicht, da unterwegs und der Online-Editor lädt das Beispiel gerade nicht.

\documentclass[11pt,oneside,a4paper]{scrartcl}

Alle drei Klassenoptionen gehören zur Voreinstellung der Dokumentklasse und werden deshalb nicht gebraucht.

\renewcommand*{\headfont}{\normalfont\sffamily\bfseries}

Gemäß Abschnitt 3.12 der Dokumentation von KOMA-Script darfst Du auch folgenden Quelltext verwenden:

\setkomafont{pageheadfoot}{\normalfont\sffamily\bfseries}

Statt die Maßeinheit Mikrometer relativ umständlich anzugeben, bietet Dir das Paket siunitx mit

\si{\um}

einen weniger aufwendigen Weg an.

Deine Tabelle ist übrigens zu breit.

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longtable - Problem mit alignment tabs

longtable - Problem mit alignment tabs