Die filecontents Umgebung ist hier nur ein Hilfsmittel um Beispieldaten im Minimalbeispiel drin zu haben. Sie erstellt bzw. überschreibt bei jedem pdflatex Lauf die Date Beispieldaten.csv. In der tikzpicture Umgebung wird dann genau diese extra erstellte Datei eingelesen.
Da du schon eine csv Datei mit deinen Daten hast, brauchst du weder die filecontents Umgebung noch das Paket filecontents. Dafür musst du in der Zeile
\pgfplotstableread{Beispieldaten.csv}{\Data}
statt Beispieldaten.csv den Namen deiner csv Datei eintragen. Eventuell musst du dabei noch die Option col sep=<dein spaltentrenner> verwenden, falls die Trennung der Spalten nicht mit Leerzeichen erfolgt.
Die {...} um das Datum sind nur notwendig, wenn deine Spalten mit Leerzeichen getrennt werden, aber das Datum ebenfalls Leerzeichen enthält. Ich hab die Leerzeichen dann aber ohnehin gegen \, ausgetauscht, weil mir der Abstand zwischen Tag und Monat zu groß war.
Du kannst die Breite für jeden Plot einzeln vorgeben:
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.9} % aktuelle Version von pgfplots
\usepackage{pgfplotstable}
\usepgfplotslibrary{groupplots}
% Schreiben einer Datei mit den Daten fürs Minimalbeispiel
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents*}{Beispieldaten.csv}
Nummer Auftraege Kalendertag
1 816 19.\,Juni
2 687 20.\,Juni
3 676 21.\,Juni
4 597 22.\,Juni
5 743 25.\,Juni
6 718 26.\,Juni
7 702 27.\,Juni
8 634 28.\,Juni
9 581 29.\,Juni
10 743 02.\,Juli
11 731 03.\,Juli
12 736 04.\,Juli
13 691 05.\,Juli
14 626 06.\,Juli
15 788 09.\,Juli
16 667 10.\,Juli
17 737 11.\,Juli
18 678 12.\,Juli
19 560 13.\,Juli
\end{filecontents*}
% Ende der Datei fürs Minimalbeispiel
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
% Einlesen der Datei mit den Daten
% \gegebenenfalls mit pgfplotstableread[col sep=...]{}{} Spaltentrenner angeben
\pgfplotstableread{Beispieldaten.csv}{\Data}
\begin{groupplot}[
group style={group size=2 by 1},
height=10cm,width=10cm, % Das passt dann nicht auf eine A4 Seite, da jeder einzelne Plot so groß ist.
ymin=500,
xticklabels from table={\Data}{Kalendertag},xtick={1,...,19},
xticklabel style={rotate=90,xshift=-0.8ex,anchor=mid east}
]
\nextgroupplot[xmin=1, xmax=19,ymax=900]
\addplot[very thick] table [x=Nummer,y=Auftraege] {\Data};
\draw[red,dashed,thick] (axis cs:11,0) rectangle (axis cs:32,850);
\nextgroupplot[xmin=11,xmax=19,ymax=850,width=5cm]% falls das der rot umrandete Ausschnitt sein soll
\addplot[very thick] table [x=Nummer,y=Auftraege] {\Data};
\end{groupplot}
\draw[thick,blue,->,shorten >=2pt,shorten <=2pt] (group c1r1.east) -- (group c2r1.west);
\end{tikzpicture}
\end{document}
Gruß
Elke