Automatischer Nummerierung chemischer Verbindungen

Tabellen und Grafiken erstellen und anordnen


c_f_harper

Automatischer Nummerierung chemischer Verbindungen

Beitrag von c_f_harper »

Hallo!

Ich möchte mit ChemDraw gezeichnete chemische Strukturformeln in Latex einbinden, wobei jede einzelne Verbindung von Latex mit einer eigenen Nummer versehen werden soll. Hierzu wird in ChemDraw die gewünschte Strukturformel gezeichnet und der Platzhalter "TMP" als Text unterhalb der Formel notiert. Das Ganze wird dann als eps-Datei exportiert. Anschließend in Latex einbinden; die automatische Nummerierung erfolgt dann in Latex mit einem externen Paket. Eine Anleitung dazu habe ich von folgender Quelle:

https://toeholds.wordpress.com/2010/03/ ... -latex-33/

Das Ganze funktioniert bei mir aber nicht, es treten insgesamt 6 Fehler auf. Die Fehlermeldungen sind auch etwas kryptisch, bei Bedarf kann ich ja die log-Datei mal hochladen...

Das ist der Code, den ich kompilieren möchte:
\documentclass[pdftex,a4paper]{scrartcl}

\usepackage{ngerman}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}

\usepackage{array}
\usepackage{graphicx}

\usepackage{epstopdf}

\usepackage[runs=2]{auto-pst-pdf}
\usepackage{chemstyle}

\begin{document}


\begin{scheme}[htb]
\schemeref[TMP]{cmpd:Alkohol} 
\includegraphics{struktur.eps}
\end{scheme}

\end{document}
Das Ganze muss irgendwie mit dem Paket auto-pst-pdf zusammen hängen, denn wenn ich die Zeile
\usepackage[runs=2]{auto-pst-pdf}
entferne und dann kompiliere, läuft das Ganze ohne Probleme (nur dass eben der Platzhalter "TMP" in der eps-Datei nicht durch eine Nummer ersetzt wird).



Noch weitere Daten, die evtl. wichtig sein könnten:

OS: Win7
TeXnicCenter
Ausgabeprofil: Latex --> pdf
Im TeXnicCenter habe ich, nach Drücken von [Alt+F7], in dem Feld "Argumente, die an den Compiler übergeben werden sollen:" Folgendes drin stehen:
-max-print-line=120 -interaction=nonstopmode "%wm" -shell-escape
Habe heute erst alles (Miktex, Texniccenter, ...) installiert, es sollte also alles auf dem aktuellen Stand sein.

Ich hoffe mir kann jemand helfen, dass das Ganze so schön läuft, wie in der Anleitung beschrieben. Bin Latex-Anfänger.

Danke schon mal.
Viele Grüße

c_f_harper

Beitrag von c_f_harper »

Naja, hier dann doch mal noch die log-Datei:
This is pdfTeX, Version 3.1415926-2.5-1.40.14 (MiKTeX 2.9) (preloaded format=pdflatex 2015.4.11)  11 APR 2015 20:56
entering extended mode
**LaTeX2.tex
("C:\Users\Nutzer\Documents\Latex\Neuer Ordner (2)\LaTeX2.tex"
LaTeX2e <2011/06/27>
Babel <v3.8m> and hyphenation patterns for english, afrikaans, ancientgreek, arabic, armenian, assamese, basque, bengali
, bokmal, bulgarian, catalan, coptic, croatian, czech, danish, dutch, esperanto, estonian, farsi, finnish, french, galic
ian, german, german-x-2013-05-26, greek, gujarati, hindi, hungarian, icelandic, indonesian, interlingua, irish, italian,
 kannada, kurmanji, latin, latvian, lithuanian, malayalam, marathi, mongolian, mongolianlmc, monogreek, ngerman, ngerman
-x-2013-05-26, nynorsk, oriya, panjabi, pinyin, polish, portuguese, romanian, russian, sanskrit, serbian, slovak, sloven
ian, spanish, swedish, swissgerman, tamil, telugu, turkish, turkmen, ukenglish, ukrainian, uppersorbian, usenglishmax, w
elsh, loaded.
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\scrartcl.cls"
Document Class: scrartcl 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script document class (article)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\scrkbase.sty"
Package: scrkbase 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (KOMA-Script-dependent basics and keyval usage)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\scrbase.sty"
Package: scrbase 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (KOMA-Script-independent basics and keyval usage)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\graphics\keyval.sty"
Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
\KV@toks@=\toks14
)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\scrlfile.sty"
Package: scrlfile 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (loading files)

Package scrlfile, 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (loading files)
                  Copyright (C) Markus Kohm

))) ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\tocbasic.sty"
Package: tocbasic 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (handling toc-files)
)
Package tocbasic Info: omitting babel extension for `toc'
(tocbasic)             because of feature `nobabel' available
(tocbasic)             for `toc' on input line 116.
Package tocbasic Info: omitting babel extension for `lof'
(tocbasic)             because of feature `nobabel' available
(tocbasic)             for `lof' on input line 117.
Package tocbasic Info: omitting babel extension for `lot'
(tocbasic)             because of feature `nobabel' available
(tocbasic)             for `lot' on input line 118.
Class scrartcl Info: File `scrsize11pt.clo' used instead of
(scrartcl)           file `scrsize11.clo' to setup font sizes on input line 1564.

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\scrsize11pt.clo"
File: scrsize11pt.clo 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script font size class option (11pt)
)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\koma-script\typearea.sty"
Package: typearea 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (type area)

Package typearea, 2015/02/07 v3.16 KOMA-Script package (type area)
                  Copyright (C) Frank Neukam, 1992-1994
                  Copyright (C) Markus Kohm, 1994-

\ta@bcor=\skip41
\ta@div=\count79
Package typearea Info: You've used standard option `pdftex'.
(typearea)             This is correct!
(typearea)             Internally I'm using `pagesize=pdftex'.
(typearea)             If you'd like to set the option with \KOMAoptions,
(typearea)             you'd have to use `pagesize=pdftex' there
(typearea)             instead of `pdftex', too.
Package typearea Info: You've used standard option `a4paper'.
(typearea)             This is correct!
(typearea)             Internally I'm using `paper=a4'.
(typearea)             If you'd like to set the option with \KOMAoptions,
(typearea)             you'd have to use `paper=a4' there
(typearea)             instead of `a4paper', too.
\ta@hblk=\skip42
\ta@vblk=\skip43
\ta@temp=\skip44
\footheight=\skip45
Package typearea Info: These are the values describing the layout:
(typearea)             DIV  = 10
(typearea)             BCOR = 0.0pt
(typearea)             \paperwidth      = 597.50793pt
(typearea)              \textwidth      = 418.25555pt
(typearea)              DIV departure   = -6%
(typearea)              \evensidemargin = 17.3562pt
(typearea)              \oddsidemargin  = 17.3562pt
(typearea)             \paperheight     = 845.04694pt
(typearea)              \textheight     = 595.80026pt
(typearea)              \topmargin      = -25.16531pt
(typearea)              \headheight     = 17.0pt
(typearea)              \headsep        = 20.40001pt
(typearea)              \topskip        = 11.0pt
(typearea)              \footskip       = 47.6pt
(typearea)              \baselineskip   = 13.6pt
(typearea)              on input line 1342.
)
\c@part=\count80
\c@section=\count81
\c@subsection=\count82
\c@subsubsection=\count83
\c@paragraph=\count84
\c@subparagraph=\count85
\abovecaptionskip=\skip46
\belowcaptionskip=\skip47
\c@pti@nb@sid@b@x=\box26
\c@figure=\count86
\c@table=\count87
\bibindent=\dimen102
) ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\german\ngerman.sty" v2.5e 1998-07-08
Package: ngerman 1998/07/08 v2.5e Support for writing german texts (br)
\grmnU@D=\dimen103
ngerman -- \language number for naustrian undefined, default 43 used.
)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\inputenc.sty"
Package: inputenc 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
\inpenc@prehook=\toks15
\inpenc@posthook=\toks16
 ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\latin1.def"
File: latin1.def 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\fontenc.sty"
Package: fontenc 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
 ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\base\t1enc.def"
File: t1enc.def 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX file
LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding T1 on input line 43.
))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\tools\array.sty"
Package: array 2008/09/09 v2.4c Tabular extension package (FMi)
\col@sep=\dimen104
\extrarowheight=\dimen105
\NC@list=\toks17
\extratabsurround=\skip48
\backup@length=\skip49
) ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\graphics\graphicx.sty"
Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\graphics\graphics.sty"
Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
 ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\graphics\trig.sty"
Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
) ("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\00miktex\graphics.cfg"
File: graphics.cfg 2007/01/18 v1.5 graphics configuration of teTeX/TeXLive
)
Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\pdftex-def\pdftex.def"
File: pdftex.def 2011/05/27 v0.06d Graphics/color for pdfTeX

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\infwarerr.sty"
Package: infwarerr 2010/04/08 v1.3 Providing info/warning/error messages (HO)
)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\ltxcmds.sty"
Package: ltxcmds 2011/11/09 v1.22 LaTeX kernel commands for general use (HO)
)
\Gread@gobject=\count88
))
\Gin@req@height=\dimen106
\Gin@req@width=\dimen107
)
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\oberdiek\epstopdf.sty"
Package: epstopdf 2010/02/09 v2.5 Conversion with epstopdf on the fly (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\oberdiek\epstopdf-base.sty"
Package: epstopdf-base 2010/02/09 v2.5 Base part for package epstopdf

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\oberdiek\grfext.sty"
Package: grfext 2010/08/19 v1.1 Manage graphics extensions (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\kvdefinekeys.sty"
Package: kvdefinekeys 2011/04/07 v1.3 Define keys (HO)
))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\oberdiek\kvoptions.sty"
Package: kvoptions 2011/06/30 v3.11 Key value format for package options (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\kvsetkeys.sty"
Package: kvsetkeys 2012/04/25 v1.16 Key value parser (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\etexcmds.sty"
Package: etexcmds 2011/02/16 v1.5 Avoid name clashes with e-TeX commands (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\ifluatex.sty"
Package: ifluatex 2010/03/01 v1.3 Provides the ifluatex switch (HO)
Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
)
Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
(etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
(etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
(etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
)))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\pdftexcmds.sty"
Package: pdftexcmds 2011/11/29 v0.20 Utility functions of pdfTeX for LuaTeX (HO)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\ifpdf.sty"
Package: ifpdf 2011/01/30 v2.3 Provides the ifpdf switch (HO)
Package ifpdf Info: pdfTeX in PDF mode is detected.
)
Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
Package pdftexcmds Info: \pdfdraftmode found.
)
Package grfext Info: Graphics extension search list:
(grfext)             [.png,.pdf,.jpg,.mps,.jpeg,.jbig2,.jb2,.PNG,.PDF,.JPG,.JPEG,.JBIG2,.JB2,.eps]
(grfext)             \AppendGraphicsExtensions on input line 452.
))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\auto-pst-pdf\auto-pst-pdf.sty"
Package: auto-pst-pdf 2009/04/26 v0.6 Wrapper for pst-pdf

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\xkeyval\xkeyval.sty"
Package: xkeyval 2012/10/14 v2.6b package option processing (HA)

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\xkeyval\xkeyval.tex"
\XKV@toks=\toks18
\XKV@tempa@toks=\toks19
\XKV@depth=\count89
File: xkeyval.tex 2012/10/14 v2.6b key=value parser (HA)
))
("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\latex\ifplatform\ifplatform.sty"
Package: ifplatform 2010/10/22 v0.4 Testing for the operating system

("C:\Program Files\MiKTeX 2.9\tex\generic\oberdiek\catchfile.sty"
Package: catchfile 2011/03/01 v1.6 Catch the contents of a file (HO)
)
! Argument of " has an extra }.
<inserted text> 
                \par 
l.54 ...dows@echo@test{echo \string# > "\ip@file"}
                                                  
I've run across a `}' that doesn't seem to match anything.
For example, `\def\a#1{...}' and `\a}' would produce
this error. If you simply proceed now, the `\par' that
I've just inserted will cause me to report a runaway
argument that might be the root of the problem. But if
your `}' was spurious, just type `2' and it will go away.

Runaway argument?
! Paragraph ended before " was complete.
<to be read again> 
                   \par 
l.54 ...dows@echo@test{echo \string# > "\ip@file"}
                                                  
I suspect you've forgotten a `}', causing me to apply this
control sequence to too much text. How can we recover?
My plan is to forget the whole thing and hope for the best.

)
\c@app@runs=\count90
runsystem(echo \hskip \z@skip )...executed.


! Argument of " has an extra }.
<inserted text> 
                \par 
l.121 ...---------------------------------------"}
                                                  
I've run across a `}' that doesn't seem to match anything.
For example, `\def\a#1{...}' and `\a}' would produce
this error. If you simply proceed now, the `\par' that
I've just inserted will cause me to report a runaway
argument that might be the root of the problem. But if
your `}' was spurious, just type `2' and it will go away.

Runaway argument?
! Paragraph ended before " was complete.
<to be read again> 
                   \par 
l.121 ...---------------------------------------"}
                                                  
I suspect you've forgotten a `}', causing me to apply this
control sequence to too much text. How can we recover?
My plan is to forget the whole thing and hope for the best.

runsystem(echo \penalty \@M \discretionary {-}{}{}\penalty \@M \hskip \z@skip ------------------------------------------
------\par )...executed.

! Argument of " has an extra }.
<inserted text> 
                \par 
l.122 ...to-pst-pdf: Auxiliary LaTeX compilation"}
                                                  
I've run across a `}' that doesn't seem to match anything.
For example, `\def\a#1{...}' and `\a}' would produce
this error. If you simply proceed now, the `\par' that
I've just inserted will cause me to report a runaway
argument that might be the root of the problem. But if
your `}' was spurious, just type `2' and it will go away.

Runaway argument?
! Paragraph ended before " was complete.
<to be read again> 
                   \par 
l.122 ...to-pst-pdf: Auxiliary LaTeX compilation"}
                                                  
I suspect you've forgotten a `}', causing me to apply this
control sequence to too much text. How can we recover?
My plan is to forget the whole thing and hope for the best.

runsystem(echo äuto-pst-pdf: Auxiliary LaTeX compilation\par )...

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Beitrag von u_fischer »

Benutze nicht das Paket ngerman, nimm statt dessen \usepackage[ngerman]{babel}.

c_f_harper

Beitrag von c_f_harper »

Danke für den Tip. Habe ich gleich mal eingearbeitet.

Ich glaube, ich muss den Befehl "\usepackage{epstopdf}" rausnehmen, weil diese automatische Nummerierung dann wohl nicht funktioniert. Bin jetzt auch auf Texworks umgestiegen. Mein Code sieht jetzt so aus:
\documentclass[pdftex,a4paper]{scrartcl}

\usepackage[runs=2]{auto-pst-pdf}
\usepackage{chemstyle}

\usepackage[ngerman]{babel}	% Silbentrennung nach neuer deutscher Rechtschreibung
\usepackage[latin1]{inputenc} % Umlaute
\usepackage[T1]{fontenc} % erweiterter Schriftsatz für Umlaute, Buchstaben mit Akzenten, etc.
\usepackage{verbatim} % mehrzeilige Kommentare

\usepackage{array} % Tabellen in der sog. "tabular"-Umgebung
\usepackage{graphicx} % Verwendung von Bildern

\begin{document}

\begin{scheme}[htb]
\schemeref[TMP]{cmpd:Alkohol}
\includegraphics{struktur.eps}
\end{scheme} 

\end{document}
Als Fehler kommt dann:
LaTeX Warning: File `LaTeX2-pics.pdf' not found on input line 18.


! Package pdftex.def Error: File `LaTeX2-pics.pdf' not found.

See the pdftex.def package documentation for explanation.
Type  H <return>  for immediate help.
 ...                                              
                                                  
l.18 \includegraphics{struktur.eps}
Ich kompilier mit "pdfLaTeX" mit "-enable-write18". Liegt das vielleicht daran, dass ich shell escape nicht korrekt aktiviert habe?

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Beitrag von u_fischer »

Da ich die eps nicht habe, kann ich nicht testen. Abgesehen davon solltest du dir vielleicht mal chemfig anschauen.

http://texwelt.de/blog/latex-und-chemie ... fig-paket/

c_f_harper

Beitrag von c_f_harper »

Also ich habe jetzt die Miktex deinstalliert und danach als Komplettversion mit allen Paketen installiert.
Abgesehen davon solltest du dir vielleicht mal chemfig anschauen.
Also die VErwendung von ChemDraw (und somit auch von den eps-Dateien) ist unumgänglich. Ich habe bei Deinem angegebenen Link noch ne andere Anleitung zum Nummerieren gefunden (http://texwelt.de/blog/latex-und-chemie ... num-paket/), aber das funktioniert auch nicht (gleiche Fehlermeldung wie in meinem dritten Post).

Was läuft da bei mir schief? Brauch ich vielleicht noch irgendein anderes Paket, damit dieses aut-pst-pdf funktioniert?

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Beitrag von u_fischer »

c_f_harper hat geschrieben:Also ich habe jetzt die Miktex deinstalliert und danach als Komplettversion mit allen Paketen installiert.
Wozu?
Was läuft da bei mir schief? Brauch ich vielleicht noch irgendein anderes Paket, damit dieses aut-pst-pdf funktioniert?
Wie ich schon sagte: Ich habe die eps-Datei nicht und kann nicht testen. Und da ich dein Beispiel nicht testen kann, kann ich dir weder sagen, ob es eigentlich funktionieren müsste, noch vernünftige Nachfragen stellen. Rumspekulieren tue ich nicht.

c_f_harper

Beitrag von c_f_harper »

Nun gut. Danke für Deine Mühen.

Schönen Tag noch.

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Beitrag von cgnieder »

Bist Du sicher, dass Du shell-escape aka write18 aktiviert hast? In der log-Datei, die Du gepostet hast, sehe ich es nämlich nicht. Wenn ich eine Datei testweise mit shell-escape kompiliere, steht in den ersten drei Zeilen der log-Datei folgendes:
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.15 ...
entering extended mode
 \write18 enabled.
Zeile drei sagt mir, dass shell-escape aktiv war. Die Zeile fehlt bei Dir.

Grüße
Clemens
Paketauthor

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