Als erstes solltest Du
l2tabu lesen, damit Du erfährst, warum die center-Umgebung in der Gleitumgebung ungünstig ist.
Dann solltest Du immer ein
VM (mit Anleitung zur Erstellung nicht nur für Anfänger) angeben, statt uns nur einen Codeschnippsel vorzuwerfen. Selbst einem Hund wirft man heutzutage keine übrigen Häppchen vom Tisch mehr hin, sondern serviert ihm liebevoll zubereitete Hundemenüs – wenn man der Werbung glauben darf.
Ohne all die Informationen, die mir daher fehlen, könnte ich beispielsweise
\documentclass[captions=nooneline]{scrreprt}
\renewcommand*{\captionformat}{\ --\ }
\usepackage[demo]{graphicx}% Option demo nur zu Demonstrationszwecken!
\begin{document}
\listoffigures
\chapter{Dummy}
Damit die Nummer stimmt.
\chapter{Test}
\begin{figure}
\centering
\includegraphics{figure1.pdf}
\caption[Detection of fusion proteins]{\textbf{Detection of fusion proteins}\\
(A) bla bla (B) bla bla}
\label{fig1}
\end{figure}
\end{document}
oder
\documentclass{scrreprt}
\renewcommand*{\captionformat}{\ --\ }
\usepackage{varwidth}
\usepackage[demo]{graphicx}% Option demo nur zu Demonstrationszwecken!
\begin{document}
\listoffigures
\chapter{Dummy}
Damit die Nummer stimmt.
\chapter{Test}
\begin{figure}
\centering
\includegraphics{figure1.pdf}
\caption[Detection of fusion proteins]{\begin{varwidth}[t]{\linewidth}\textbf{Detection of fusion proteins}\\
(A) bla bla (B) bla bla\end{varwidth}}
\label{fig1}
\end{figure}
\end{document}
anbieten. In der Realität würde man das natürlich spätestens dann, wenn man es mehr als einmal benötigt, schöner in eine neue Anweisung verpacken. Außerdem habe ich den Verdacht, dass Dir mit dem Paket
subcaption oder eventuell weiter geholfen wäre.