1) Setze ich alle \stepcounter{footnote} vor die Umgebung, sind die Fußnoten zu hoch, wenn die erste Fußnote auftaucht.
2) Setze ich nur einen \stepcounter{footnote} vor die Umgebung und den zweiten \stepcounter{footnote} nach die Umgebung, ist die Nummerierung innerhalb des Fußnoten-Bereichs zwar passend, aber in der Tabelle habe ich zwei Fußnoten mit gleicher Nummerierung.
3) Setze ich nur einen \stepcounter{footnote} vor die Umgebung und den zweiten \stepcounter{footnote} in die Umgebung, passt die Nummerierung der Fußnoten innerhalb der Tabelle zwar, dafür habe ich im Fußnotenbereich aber zwei Fußnoten mit gleicher Nummerierung.
Minimalbeispiel (hoffe ich habe es diesmal hinbekommen): Das Beispiel wäre der o.g. Fall 3):
\documentclass{scrartcl}
\usepackage[numbers]{natbib}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{multirow}
\usepackage{longtable}
\usepackage{float}
\usepackage{color}% colors
\usepackage{colortbl}% colors for tables
\begin{document}
% vgl. http://projekte.dante.de/DanteFAQ/Fussnote#56
\stepcounter{footnote} % Fußnotenzähler weitersetzen
\begin{table}[h]
\begin{tabular}{
|>{\raggedright\footnotesize}p{0.2\textwidth}
|>{\raggedright\footnotesize}p{0.2\textwidth}
|>{\raggedright\footnotesize}p{0.2\textwidth}
|>{\raggedright\footnotesize}p{0.13\textwidth}
|>{\raggedright\arraybackslash\footnotesize}p{0.13\textwidth}|
}
\hline
\cellcolor[gray]{0.8}\bfseries Abteilung &
\cellcolor[gray]{0.8}\bfseries Rolle des Interviewpartners &
\cellcolor[gray]{0.8}\bfseries Aufgabengebiet &
\cellcolor[gray]{0.8}\bfseries Abkürzung &
\cellcolor[gray]{0.8}\bfseries \#Wörter, \#Minuten \\
\hline
\hline
\multicolumn{5}{|c|}{\footnotesize \textsc{Geschäftsführung}} \\
\hline
\multirow{2}{0.2\textwidth}{\bfseries Geschäftsführung} & Geschäftsführer (engl. Managing Director)\,${}^{\thefootnote}$ & Geschäftsführer, Hauptkontaktperson der Fallstudie & MD & 7.945\newline 1 \\
\cline{2-5}
& Kaufmännischer Geschäftsführer (CFO) & & CFO & 388\newline 2 \\
\hline
\hline
\multicolumn{5}{|c|}{\footnotesize \textsc{Produktsparten}} \\
\hline
\multirow{2}{0.2\textwidth}{\bfseries Agrarprodukte} & Mitarbeiterin Supply Chain Management & & Mg. SCM & 5.024\newline 1 \\
\cline{2-5}
& Leiter Qualitätsmanagement (Werk)\stepcounter{footnote}\,${}^{\thefootnote}$ & & Mg. QM & 5.027\newline 2 \\
\hline
\hline
\multicolumn{5}{|c|}{\footnotesize \textsc{Fachabteilungen}} \\
\hline
\bfseries Controlling & Leiterin Controlling & & Mg. C. & 1.072\newline 1 \\
\hline
\bfseries HR & Leiter HR & & Mg. HR & 1.183\newline 1 \\
\hline
\bfseries Interne Revision & Interner Auditor & & Int. Aud. & 985\newline 1 \\
\hline
\bfseries IT & Leiter IT & & Hd. IT & 1.438\newline 1 \\
\hline
\hline
\multicolumn{3}{|l}{\bfseries\footnotesize Gesamtdauer (Minuten)} & \multicolumn{2}{r|}{\footnotesize 2.380} \\
\hline
\multicolumn{3}{|l}{\bfseries\footnotesize Transkripierte Wörter} & \multicolumn{2}{r|}{\footnotesize 23.062} \\
\hline
\multicolumn{3}{|l}{\bfseries\footnotesize Erhebungszeitraum} & \multicolumn{2}{r|}{\footnotesize September 2009 -- Mai 2010} \\
\hline
\end{tabular}
\caption{Interviewpartner und -rahmendaten bei \textsc{PharmaChem}}\label{tab:PhFactsheet}
\end{table}
In der Asien-Pazifik-Region ist \textsc{Logis} seit mehr als 50 Jahren mit fast 10.000 Mitarbeitern an über 200 Standorten in 20 Ländern vertreten, davon über 1.000 Mitarbeiter an 12 Standorten in Thailand, wo das Unternehmen Luft- und Seefracht, Landverkehr, sowie kundenindividuelle Logistik- und Supply Chain-Lösungen und -großprojekte anbietet. Thailand selbst stellt einen wichtigen Umschlagplatz für den Güterverkehr der gesamten Asien-Pazifik-Region dar.\footnotetext{Es wurden insgesamt zwei Interviews geführt, die hier zusammengefasst sind. Das erste Interview...}\footnotetext{Es wurden insgesamt zwei Interviews geführt, die hier zusammengefasst sind. Das erste Interview...} \footnote{Vgl. Logistik-Magazin.}
\end{document}
