nachdem ich eben einige Stunden mit der Frage zugebracht habe, warum in aller Welt meine Kopfzeilen nicht richtig angezeigt werden, hier die Lösung:
babel war schuld.
Anscheinend pfuscht babel an den Kopfzeilen rum - warum auch immer.
Abhilfe ist ganz leicht dadurch zu erreichen, dass man die Kopfzeilen erst nach Laden von babel konfiguriert.
\documentclass[twoside]{scrreprt}
\usepackage{scrpage2}
% babel vor dem setzen von pagestyle laden
\usepackage[german,english]{babel}
\pagestyle{scrheadings} % start headings
\automark[section]{chapter} % kopfzeilen mit kapitel auf der linken seite und abschnitt auf der rechten seite
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}
%\usepackage[german,english]{babel}
% wenn babel nach setzen von pagestyle geladen wird
% werden die abschnitte in den Kopfzeilen nicht angezeigt,
% die rechte seite hat dann einen leeren kopf
\begin{document}
\chapter{first chapter}
\null\clearpage
\section{first section}
\null\clearpage
\section{second section}
\null\clearpage
\chapter{second chapter}
\null\clearpage
\end{document}
Schöne Nacht noch allerseits,
Benedicta

