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Im Quellcode an der gewünschten Stelle die entsprechenden Anweisungen so umdefinieren, dass sie nichts mehr tun:

\renewcommand{\footnote}[2][]{}
\renewcommand*{\footnotemark}[1]{}
\renewcommand{\footnotetext}[1]{}

Wenn man allerdings irgendwann später die Fußnoten wieder aktivieren will, muss man die Anweisungen vorher kopieren (mit \let\zwischenspeicheranwisung\originalanweisung), damit man sie später wieder zurück kopieren (mit \let\originalanweisung\zwischenspeicheranweisung) kann. Am besten verpackt man das dann noh schön in zwei Markup-Anweisungen (\deaktivatefootnotes und \reaktivatefootnotes) und fertig.

\footnotemark und \footnotetext musst Du natürlich auch sichern und wiederherstellen. Und dann könntest Du noch eine Sicherung einbauen, damit nicht zweimal gesichert wird, was ja zur Vernichtung von \footnote etc. führen würde.

\makeatletter% wegen \@empty
\newcommand*{\nofoot}{}
\newcommand*{\nofootmark}{}
\newcommand*{\nofoottext}{}
\newcommand{\deactivatefoot}{%
  \ifx\nofoot\@empty% noch nicht deaktiviert
    \let\nofoot\footnote
    \renewcommand{\footnote}[2][]{}%
    \let\nofootmark\footnotemark
    \renewcommand*{\footnotemark}[1]{}%
    \let\nofoottext\footnotetext
    \renewcommand{\footnotetext}[1]{}%
  \else
    % Hier könnte man eine Fehlermeldung ausgeben
  \fi
}
\newcommand{\reactivatefoot}{%
  \ifx\nofoot\@empty% noch nicht deaktiviert
    % Hier könnte man eine Fehlermeldung ausgeben
  \else% deaktiviert
    \let\footnote\nofoot
    \let\footnotemark\nofootmark
    \let\footnotetext\nofoottext
    \let\nofoot\@empty
    \let\nofootmark\@empty
    \let\nofoottext\@empty
  \fi
}
\makeatother% wegen \makeatletter

Wenn man das in ein Paket auslagert, entfällt übrigens \makeatletter und \makeatother. Dafür kann man dann mit \PackageError (siehe clsguide) noch die beiden Fehlermeldungen ergänzen.

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