Wenn Du keine anderen Änderungen vorgenommen hast, sind Deine ganzen Verzeichnisse Kapitel. Also verwende \addchap statt \addsec und lasse den manuellen Eintrag ins Inhaltsverzeichnis weg. Auch die ganzen \phantomsection sind komplett überflüssig:
\addchap{Abkürzungsverzeichnis}
headings ist nach dem Laden von scrlayer-scrpage nur ein Alias für den Seitenstilscrheadings. Dein \thispagestyle{headings} nach \listoffigures macht auch nicht das, was Du vermutlich beabsichtigst - es ändert den Seitenstil von plain zu scrheadings auf der *letzten* Seite des Abbildungsverzeichnisses. Das fällt aber erst auf, wenn das Verzeichnis mehr als eine Seite hat. Aus Deinen Codefragmenten schlußfolgere ich, dass Du auf allen Kapitelanfangsseiten scrheadings haben möchtest? Dann stelle das schon in der Präambel ein mit
\renewcommand*\chapterpagestyle{scrheadings}
Es ist noch einiges anderes in Deinem Code drin, was Du ändern solltest. Die Pakete tikz und lscape brauchst Du nicht explizit laden, wenn Du pgfplots und pdflscape verwendest. Die habe ich unten entfernt. Verzichte auch auf alle anderen Pakete, die Du nicht verwendest und von denen Du eventuell nicht mal weißt, was sie tun.
\documentclass[
a4paper,fontsize=12pt,twoside=true,abstract=on,
toc=listof,toc=flat,listof=entryprefix,
numbers=noendperiod,% kein automatischer Punkt nach Gliederungs-, Abbildungsnummern etc.
parskip=half
]{scrreprt}
\addtokomafont{disposition}{\rmfamily}
\usepackage[T1]{fontenc}
%\usepackage[utf8]{inputenc}% wird nur bei älteren TeX-Distributionen benötigt
\usepackage[lmargin=3cm, rmargin=2cm,tmargin=2.5cm,bmargin=1cm,, includefoot=true]{geometry}
\usepackage[american,main=ngerman]{babel}
\usepackage{pgfplots}% lädt auch tikz
\pgfplotsset{compat=1.13}% aktuell wäre 1.16
\usetikzlibrary{
automata,
shapes.geometric,
calc,
arrows.meta
}
%\usepackage{textcomp}
%\usepackage{gensymb}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{blindtext}% nur für dummy text, wie beispielsweise in MWEs
%\usepackage{paralist}
\usepackage[backend=biber,date=year, style=authoryear,giveninits, labeldateparts=true, dashed=false,uniquename=init]{biblatex}
\setcounter{biburlucpenalty}{9000}
\setcounter{biburllcpenalty}{9000}
\DeclareNameAlias{sortname}{last-first}
\usepackage{csquotes}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{pdflscape}% dann ist brauchst Du lscape nicht
%\usepackage{multirow}
%\usepackage{multicol}% schreibst Du mehrspaltigen Text?? Das Paket hat nichts mit Tabellen zu tun.
%\usepackage{hhline}
%\usepackage{chngcntr}% wird nur bei älteren TeX-Distributionen benötigt
\counterwithout{footnote}{chapter}
\usepackage[
headsepline,
markcase=noupper,% Tippfehler korrigiert und eigentlich default
automark
]{scrlayer-scrpage}
\renewcommand*\chaptermarkformat{}% keine Kapitelnummer in Kopfzeile
%\renewcommand*\sectionmarkformat{}% keine Abschnittsnummer in Kopfzeile, wird aber gar nicht verwendet
\clearpairofpagestyles
\ohead*{\leftmark}
\ofoot*{\pagemark}
\renewcommand\chapterpagestyle{scrheadings}% Kapitelanfangsseiten sollen auch scrheadings verwenden
\usepackage[onehalfspacing]{setspace}
\usepackage{scrhack}
\usepackage[printonlyused]{acronym}
\usepackage{pdfcomment}% lädt hyperref
\hypersetup{colorlinks=true,linkcolor=black, citecolor=black,urlcolor=black}
\usepackage[figure,table]{hypcap}
%\renewcommand*{\figureformat}{\figurename~\thefigure}% nicht benötigt, da numbers=noenddot gesetzt
%\renewcommand*{\tableformat}{\tablename~\thetable}% nicht benötigt, da numbers=noenddot gesetzt
\AfterTOCHead[lof]{\label{Lof}}% Damit das Label wirklich nach der Überschrift steht - aber brauchst Du es überhaupt??
\begin{document}
\tableofcontents
\listoffigures
\addchap{Abkürzungsverzeichnis}
\label{Abkürzungsverzeichnis}
\begin{acronym}[GHD]
\acro{GHD}{Gewerbe, Handel und Dienstleistung}
\end{acronym}
\blinddocument
\ac{GHD}
\blinddocument
\end{document}
