Kannst Du ein vollständiges Minimalbeispiel erstellen, das das Problem zeigt?
Bei mir werden in
\documentclass[12pt,twoside,bind,ams,a4paper]{hepthesis}
\usepackage{siunitx}
\begin{document}
\begin{table}
\begin{tabular}{lllll}
& L0 & L1 & HLT \\
\midrule\\
Input rate & \SI{40}{\mega\Hz} & \SI{1}{\mega\Hz} & \SI{40}{\kilo\Hz} \\
Output rate & \SI{1}{\mega\Hz} & \SI{40}{\kilo\Hz} & \SI{2}{\kilo\Hz} \\
Location & On detector & Counting room & Counting room \\
\end{tabular}
\caption{Characteristics of the trigger levels and offline analysis.}
\label{tab:TriggerDetails}
\end{table}
\end{document}
keine überzähligen Linien eingefügt, obwohl im Code von hepthesis.cls wohl Anlagen dafür verfügbar wären.
PS: Häufig werden vertikale Trennstriche in Tabellen für etwas unglücklich gehalten. Die Dokumentation des [d]booktabs[/d]-Pakets zeigt, wie man schöne Tabellen mit LaTeX erstellt - ohne vertikale Linien.