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Hallo.. wie der Titel schon verrät, sind meine Überschriften einfach zulang für die Kopfzeile.
Als Lösung wird überall der Befehl \sectionmark{} aufgeführt, aber..
Verwende ich:

\chapter{Langer Titel\chaptermark{Kurztitel}}
\chaptermark{Kurztitel}

Wird mein Inhaltsverzeichniss völlig auf den Kopf gestellt. Dh. es werden unter dem entsprechenden Punkt, zusätzlich nocheinmal alle Überschriften des Kapitels aufgeführt.
Verwende ich nur:

\chapter{Langer Titel}
\chaptermark{Kurztitel}

Ist zwar das Inhaltsverzeichniss in Ordnung, aber der Kurztitel wird sozusagen eine Seite zuspät im Dokument übernommen.

Ich verwende bei der documentclass {scrbook}

Kann mir wer helfen?

\chapter{Langer Titel}
\chaptermark{Kurztitel}

Ist zwar das Inhaltsverzeichniss in Ordnung, aber der Kurztitel wird sozusagen eine Seite zuspät im Dokument übernommen.

Dann hast du seltsame Kopfzeilen. Aber da du kein Minimalbeispiel geliefert hast, ...

scrbook bietet übrigens bereits seit längerer Zeit die Möglichkeit, das optionale Argument wahlweise nur für den Kolumnentitel zu verwenden und für das Inhaltsverzeichnis stattdessen ebenfalls die normale Überschrift zu verwenden oder auch drei verschiedene Titel anzugeben. Näheres ist der KOMA-Script-Anleitung zu entnehmen.

Das Minimalbsp. in diesem Fall ist das Inhaltsverzeichniss nicht in Ordnung:
\documentclass[fontsize=12pt,
paper=a4,
draft=false,
BCOR=20mm,
twoside=true,
footinclude=false,
mpinclude=false,
headinclude=true,
headsepline=true,
DIV=14,
bibliography=totoc,
listof=totoc
]{scrbook}

\usepackage{ngerman}
\usepackage[ansinew]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfig}
\usepackage{float}
\usepackage{amsmath}
%--------------------------------------------------------------------------------------
%--------------------------------------------------------------------------------------
\begin{document}
%--------------------------------------------------------------------------------------
%Titelseite
%--------------------------------------------------------------------------------------
\begin{titlepage}
\begin {center}
\begin{LARGE}
\textbf{AFM-Untersuchungen }
\end{LARGE}
\end{center}
\end{titlepage}
\tableofcontents
%
%--------------------------------------------------------------------------------------
%Kapitel 1: Einleitung
\chapter{Einleitung}
Leertext...................................
\chapter{Grundlagen}
Leertext
\section{ÜberschriftA}
Leertext
\newpage
\subsection{ÜberschriftA.a}
Leertext
\newpage
\subsection{zu lange ÜberschriftA.b\sectionmark{Kurztitel}}
\sectionmark{Kurztitel}
Leertext
\newpage
Leertext
\newpage
Leertext
\newpage
Leertext
\section{ÜberschriftB}
Leertext
\subsection{ÜberschriftB.a}
Leertext
\end{document}

Wie besserwisser schon sagte:
Siehe auch http://tex.stackexchange.com/a/114526/5049

Grüße

Wenn der Eintrag mit \sectionmark im Inhaltsverzeichnis landet, dann wird im Inhaltsvereichnis die \sectionmark-Anweisung ausgeführt. Das kann nicht funktionieren. Und warum überhaupt \sectionmark für einen \subsection-Eintrag? Das passt alles nicht zusammen.

Wie es richtig geht, habe ich bereits erklärt und cgnieder hat es Dir eine der Möglichkeiten jetzt sogar noch gezeigt. Du solltest das trotzdem noch in der KOMA-Script-Anleitung nachlesen, weil es in Deinem Fall eventuell einfacher geht, wenn Du das optionale Argument nur für den Kolumnentitel verwenden lässt, was ebenfalls per Option möglich ist.

BTW: Bitte Code markieren wie das auch im Hinweis für Code in Beitrag mit Beispiel direkt über dem Nachrichten-Eingabefeld angegeben ist!

Schonmal ein Danke... aber es will noch nicht funktionieren. Auch dein Minimalbsp. fürht zu einer Fehlermeldung:
Package scrbase error: option `headings`od family `KOMA`has no value `optiontoheadandtoc`

..und für scrbook, kann ich das wohl nicht verwenden.
Entschuldige dumme Fragen, aber ich bin nunmal Laie.

Meine Kristallkugel sagt: Du verwendest ein uraltes KOMA-Script, für das der Support längst abgelaufen ist. Die entsprechende Option gibt es seit KOMA-Script 3.10, also seit rund 1 ½ Jahren. Mach ein Update.