Danke für den Hinweis mit luaLaTeX, das bei mir jetzt XeTeX ablösen kann. Zusammen mit der neuen Version von Fontspec kann ich bei meinen Opentype-Fonts bleiben und diese wie gewohnt laden.
In der Anleitung von Microtype steht, daß Protrusion und Expansion mit lua(La)TeX möglich sein sollen. Ich kann das nicht bestätigen.
Ich dachte erst, das läge am Zusammenspiel mit dem neuen Fontspec. Doch wie ein Minimalbeispiel zeigt, geht es sonst auch nicht (mit lualatex kompiliert):
\documentclass[]{scrreprt}
\usepackage{luaotfload}
\usepackage[EU2]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[german]{babel}
\usepackage{microtype}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blindtext
\end{document}
Mir scheint dennoch eine Lösung mit luaLaTeX näher zu liegen. Darum stelle ich diesen Thread (mit Bezug auf XeTeX) auf beantwortet.