Zunächst sei erwähnt, dass man Absatzabstand nicht (allein) dadurch realisieren sollte, dass man \parskip selbst setzt. KOMA-Script bietet dafür Optionen, die man auch verwenden sollte!
Desweiteren sollte in Dokumenten mit Absatzabstand in der Regel kein vertikaler Abstand kleiner als der Absatzabstand sein. Dafür gibt es eine ganz einfache Begründung: Ein vertikaler Abstand dient der Untergliederung eines Textes. Die kleinste gliedernde Einheit eines Dokuments ist der Absatz. Es darf keinen vertikalen Abstand geben, der kleiner ist als der Abstand der kleinsten gliedernden Einheit, weil sonst die größere gliedernde Einheit geringer hervorgehoben wäre als die kleinste.
Die Definition von \defpadding in Deinem Beispiel ist in jedem Fall überflüssig, da man \parskip selbst natürlich auch als Argument von \vspace verwenden kann.
minipage ist wie \parbox ein Bereich, der diverse Längen selbst bestimmt. Dazu gehört auch, dass \parskip und \parindent auf 0 gesetzt werden. So ist die Umgebung spezifiziert. Es gibt ein Paket, dessen Namen mir leider gerade entfallen ist, das dies ändert. Man kann das auch durch wenig mehr als eine Zeile im Header erreichen:
\documentclass[parskip=half,DIV=12,fontsize=10]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\makeatletter
\g@addto@macro\@parboxrestore{\KOMAoptions{parskip=half}\selectfont}
\makeatother
\begin{document}
\blindtext
\noindent\begin{minipage}{.45\linewidth}
\blindtext
\blindtext
\end{minipage}\hfill
\begin{minipage}{.45\linewidth}
\blindtext
\blindtext
\end{minipage}
\end{document} Du musst Dir aber im Klaren darüber sein, dass dies so für alle Umgebungen gilt, die irgendwie mit \parbox oder minipage zu tun haben. Wenn sich irgend ein Paketautor (zu Recht!) auf die Originalfunktion verlassen hat, dann knallt es möglicherweise. Alternativ kannst Du Dir natürlich eine eigene Umgebung definieren, bei der \KOMAoption{parskip=half}\selectfont automatisch am Anfang ausgeführt wird. Dann bist Du auf der sicheren Seite.
