underfull \vbox deutet darauf hin, dass auf einer Seite vertikale Abstände überdehnt werden mussten, um den vertikalen Ausgleich (erste/letzte Zeile jeder Seite sollen – insbesondere bei doppelseitigen Dokumenten auf derselben Höhe stehen) zu erreichen. Abhängig vom Inhalt der Seiten bzw. der Ursache dafür, dass der Seitenumbruch an genau der Stelle erfolgt, gibt es verschiedene Möglichkeiten angefangen von \looseness bis \clearpage.
→ Warum wird der Text in meinem Dokument vertikal auseinander gezogen und was kann ich dagegen tun?
Wenn es auf fast jeder Seite auftaucht, kann das auch schlicht ein Hinweis darauf sein, dass man die Höhe des Textbereichs (aka Satzspiegels) nicht korrekt eingestellt hat. Was da zu beachten ist, ist in Kapitel 2 der KOMA-Script-Anleitung erklärt. Anwender von geometry ignorieren da leider oftmals die grundlegenden Bedingungen und lassen sich auch nicht automatisch vom Paket helfen.
Statt auf eine ganze Seite kann sich die Meldung aber auch auf eine einzelne vertikale Box beziehen.
overfull \vbox deutet darauf hin, dass eine Seite überfüllt wurde. Das gibt es eigentlich nur, wenn eine vertikale Box oder Tabelle oder Bild oder Gleitumgebung größer als eine Seite ist. →Umgang mit overfull vbox in scrbook
Bezüglich underfull und overfull \hbox → Was bedeutet underfull/overfull \hbox?
Bei den underfull-Meldungen sollte man sich übrigens die Seiten auch mal genau anschauen. Gerade minimale Werte sind oft tolerierbar. Bei Werten von 10000 (= unendlich) ist allerdings ein Eingreifen fast immer erforderlich.
Für konkrete Lösungsvorschläge bräuchte man auch konkrete Informationen zu jeder einzelnen der Meldungen bzw. zu exemplarischen Meldungen. → Minimalbeispiel-Anleitung