Die vereinfachte und vielleicht nicht an allen Stellen zu 100% akkurate Kurzversion ist, dass es zwei
große Unterschiede zwischen pdf(La)TeX und den Unicode engines Lua(La)TeX und Xe(La)TeX gibt.
- Die Unicode engines können echt mit Unicode umgehen.
- Die Unicode engines können Systemschriften (.otf, .ttf) nutzen.
pdf(La)TeX kann mit nicht-ASCII-Zeichen eigentlich nicht umgehen. Durch sehr trickreiche Konstrukte kann erreicht werden, dass (gerade für westliche Sprachen relevante) Teile des Unicode-Zeichensatzes in druckbaren Text (und einigen anderen Kontexten) verwendet werden können, aber Du kannst kein Makro mit dem Namen \Grüße definieren. Dafür musste man früher das Paket inputenc laden und TeX erklären, wie man die Datei codiert hatte. Sonst ging TeX von ASCII aus. Seit April 2018 lädt LaTeX inputenc quasi von sich aus und nimmt UTF-8 an. Das ist heutzutage der de facto Standard und eigentlich immer die beste Wahl. Mit den meisten Modernen Editoren sollte das auch klappen.
Bei den Unicode engines wird Unicode vollständig unterstützt und es wir immer davon ausgegangen, dass die Datei UTF-8-codiert ist. Daher war es nie nötig, inputenc zu laden, um über den ASCII-Zeichensatz hinauszukommen.
Daher kommt die Regel 1: Bei Verwendung von LuaLaTeX und XeLaTeX sollte man inputenc weglassen (und die Datei in UTF-8 codieren). Wie gesagt gilt das im Grunde seit 2018 auch für pdfLaTeX.
Der zweite Punkt mit den Systemschriften ist ähnlich. Für pdf(La)TeX müssen Schriften in einem sehr spezifischen Format vorliegen. Um Schriften mit mehr als 128 Zeichen zu unterstützen, muss man das Paket fontenc verwenden. Bei den Unicode engines ist das völlig anders: Sie unterstützen die Verwendung von Systemschriften in dem heutzutage viel genutzten Formaten .otf und .ttf. Meist werden die Schriften via die Befehle von fontspec eingebunden.
Daher kommt Regel 2: Bei Verwendung von LuaLaTeX und XeLaTeX sollte fontenc weggelassen werden. Dein Dokument ist ein schönes Beispiel, dass das nicht nur irgendwelche Hanseln in Internetforen behaupten, sondern es tatsächlich Relevanz hat.
---
polyglossia musst Du bei der Nutzung von LuaLaTeX oder XeLaTeX nicht zwingen verwenden. Ich glaube ganz früher hatte babel ein paar Kompatibilitätsprobleme mit den beiden, aber inzwischen sind die alle behoben und babel funktioniert einwandfrei. Für westeuropäische Sprachen sehe ich derzeit keinen Vorteil bei der Nutzung von polyglossia gegenüber babel. (Vor einiger Zeit hätte ich sogar aktiv davon abgeraten polyglossia zu nutzen, da die Entwicklung praktisch zum Erliegen gekommen war, aber inzwischen geht es da munter weiter. Da sieht man wieder, dass ältere Informationen mit Vorsicht zu genießen sind.)
---
Warum TeXpad Dir automatisch XeLaTeX auswählt, kann ich ohne Beispielcode, der das verursacht, gesehen zu haben, nicht sagen. Da ich keinen Mac und daher auch kein TeXpad habe, könnte ich es aber wahrscheinlich auch mit Beispiel nicht. (Wenn ich es richtig verstehe, hat TeXpad eine ziemlich ausgeklügelte Automatik, die bestimmt, was wie kompiliert wird. Vielleicht lädst Du ein Paket, dass TeXpad glauben lässt - korrekterweise oder nicht -, dass XeLaTeX nötig ist.)
Aber wenn XeLaTeX verwendet wird, sollten inputenc und fontenc außen vor bleiben.