Xymtex - Pyranosen und Wavy Bonds

[bloodworks]

Hallo, ich hoffe ich habe hier die richtige Kategorie gefunden...


Ich hab ein paar Fragen zu XymTeX

1. Gibt es einen schönen oder unschönen Weg Furanosen und Pyranosen in Sellelkonformation zu zeichnen?
2. Wie kann ich bei \pyranose eine Wellenbindung (wavy bond) zeichnen (U tut nicht)?
3. Kann ich \nonaheterov irgendwie speigeln, also so dass der Fünfring auf der rechten seite liegt?
4. Kenn jemd eine Seite, die Showcases oder Templates anbietet? Tante Google spuckt nicht so richtig viel aus.

Danke im Vorraus
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[michl1211]

Hallo,

zu 1.)

Wie sieht denn die Sesselkonformation von Furanosen, oder Pyranosen aus? Das sind doch Fünfringe - ich kenne von z.B.: Cyclopentan nur die Halbsessel- und die Envelope (Briefumschlag)-Konformationen, bei denen ich jedoch nicht weiß, wie man sie in XyMTeX umsetzten kann. Ich bitte dich in Zukunft bei solch komplizierten Problemen ein Bild (notfalls handschriftlich) anzufügen. Ohnehin scheint LaTeX bei Chemikern wenig verbreitet zu sein. Mir ist noch kein zweiter begegnet der XyMTeX benutzt (und ich bin auch nur ein halber Chemiker).

zu 2.)

Offensichtlich wird die "U-Bindung" bei Pyranosen nicht unterstützt. Durch Umwege habe ich es dann aber doch mithilfe der (yl)-Funktion hinbekommen. Sie dazu auch hier (S.20)

\makeatletter
  \def\mypyranose{\@ifnextchar[{\@mypyranose}{\@mypyranose[]}}
  \def\@mypyranose[#1]#2{%
  \sixsugarh[#1]{6==O;1s==\WedgeAsSubst(0,0)(-3,-5){120};4s==\WedgeAsSubst(0,0)(3,-5){120};%
                 3s==\psline[linewidth=3.0pt,linestyle=solid,linecolor=black](-0.050,0)(1.080,0)%
                }{#2}[abc]}
\makeatother


\wedgehasheddash
\rtrigonal{0 ==D;
           2U=={\mypyranose{5==(yl)}}
                \put(-10,-33){*}
          }

zu 3.)

Bei \nonaheterov ist der Fünfring schon auf der rechten Seite. Meinst Du vielleicht \nonaheterovi{}{}, oder willst Du den Fünfring auf der linken Seite??

zu 4.)

Auf der Homepage findet man zumindest eine Recht umfangreiche Dokumentation, die offensichtlich auch immer noch gepflegt wird. http://xymtex.com/fujitas3/xymtex/indexe.html. Solltest Du inzwischen mehr herausgefunden haben als das wäre ich sehr dankbar, wenn Du deine Ergebnisse hier vorstellen würdest.

Gruß
michl1211

[bloodworks]

Hallo ich arbeite schon seit längerem nicht mehr mit XyMTeX, da es a) zu kompliziert und b) noch zu wenig Umfangreich und c) zu schlecht dokumentiert ist.
Da das auch echt schon laang her ist, weiß ich auch nicht mehr auswendig was ich eigentlich wollte. Ich werd aber mal nachschauen.

Einige von meinen alten Ergüßen finden sich im übrigen in meinem hier.
Da ich auch nur ein halber Chemiker (oder eher ein viertels Chemiker) gebe ich keine Garantie über die Richtigkeit.

[michl1211]

Schade,

ich hatte schon die bescheidene Hoffnung endlich mal jemanden gefunden zu haben, der chemische Formeln in LaTeX setzt und mit dem man sich darüber austauschen kann. Von den ganzen Chemikern, die an unserer Uni rumrennen bin ich wohl der einzige, der das macht - und das wohl auch nur, weil die andere (größere) Hälfte - genau - Mathematiker ist.

Nun das ochem-Paket habe ich bei mir nicht mal zum Laufen bekommen. Zu PPCHTeX habe ich nicht viel gefunden und das was ich gefunden habe schien recht kompliziert. Bisher fand ich XyMTeX von Ergebnis, Umfang und Aufwand her zumindest befriedigend, zumal es noch weiterentwickelt wird.

Die kostenlose externen Programme, wie Chemsketch, ISIS, Marvin etc... kann man wenn man etwas Anspruch hat gleich in die Tonne kloppen und ChemDraw kann kein Mensch bezahlen und steht an unserer Uni nicht zur Verfügung - wenn man dann noch - so wie ich Linux benutzt ist man mit seinem Latein schnell am Ende. Offenbar haben Chemiker für arme Linux-User nichts übrig.

Darf man fragen, womit Du inzwischen deine Formeln zeichnest? Oder bist Du als viertel Chemiker komplett davon abgekommen?

Gruß michl1211

p.s.: Danke übrigens für deine Homepage - ich werde sie nach dem Pokalspiel mal durchstöbern.

[localghost]

Vielleicht versuchst Du es mal mit chemfig. Ein einfacheres Paket ist mir in letzter Zeit nicht begegnet. Und es ist das einzige, bei dem sich schon an der Syntax die Struktur des zu setzenden Moleküls erahnen lässt.


Thorsten

[bloodworks]

hey michl.. ich hätte auch gerne jemanden gehabt, damals... Ich finde XYmTeX vom Ergebnis her auch ganz gut, der Aufwand stand bei mir aber bisher in keinem Verhältnis.
chemfig habe ich bisher nicht wirklich verwendetet, das ist aber definitiv einfacher zu handeln und hat eine bessere Dokumentation.

Ich kenne im übrigen bei uns an der Uni auch nicht wirklich viele Leute die überhaupt LaTeX machen. Chmiker schon gar net. Die zahlen ChemDraw offensichtlich gerne. ...

[michl1211]

Hallo,

zunächst mal vielen Dank an localghost für den Link. Ich habe das Paket chemfig mal eben schnell nachinstalliert und einige Beispiele aus dem Manual kompiliert. Ich finde es angenehm, daß das Paket auf TikZ basiert, womit ich schon einige Grafiken erstellt habe und was ich ohnehin ausführlicher lernen wollte. Es ist erstaunlich, daß man mit wenig Syntax große Strukturen bekommt. Jedoch findet man, wenn man sich lange genug mit LaTeX beschäftigt, wohl immer ein Haar in der Suppe - XyMTeX sieht um Längen besser aus. Auf der anderen Seite beginnen bei XyMTeX die Schwierigkeiten schon, wenn man Strukturen zeichnen will wie epsilon-Caprollactam, bei der man einen Siebenring braucht für den es in XyMTeX kein passendes Makro gibt. Ich denke es lohnt sich für mich, sich in beide Pakete einzuarbeiten (in XyMTeX ist das ohnehin schon ziemlich fortgeschritten). Um beide Pakete sinnvoll nutzen zu können habe ich einige Fragen - zugegeben ich habe noch nicht lange in die Anleitung geschaut und könnte es mir wohl nach einiger Zeit selbst beantworten. Aber für den Fall das es jemand spontan weiß frag ich einfach mal.

1.) Kann ich die Skalierung (Größe der Struktur) global umdefinieren (so daß ein Benzolring, der mit chemfig erstellt wurde, so Groß ist, wie einer, der mit XyMTeX erstellt wurde)?

2.) Kann ich die Strukturen global (und nicht jede für sich) umdefinieren bzgl. Linienstärke - und vor allem dem Abstand der Doppelbindungen (Beim Benzolring in XyMTeX sind die Linien für die Doppelbindung weiter entfernt vom "restlichen" Ring als in chemfig) - in XyMTeX siehts besser aus, aber vielleicht kann man ja die chemfig-Figuren dahingehend abändern.

@bloodworks
Ich wäre ja noch bereit gewesen so um die 200 Euro für so eine Software zu bezahlen, aber Chemdraw fängt bei 700 Euro an. Ich kenne Doktoranden, die ihre Doktorarbeiten mit ISIS-Draw schreiben, da darf man davon ausgehen, daß die Strukturen im Dokument nicht so aussehen wie sie aussehen sollen, sondern wie sie durch das Programm determiniert sind.

Es ist aber auch echt schwer gute Pakete für LaTeX zu finden. Googelt man danach findet man nichts (außer vielleicht ochem). Auf XyMTeX bin ich auch erst gestoßen, als ich es mal iml LaTeX-Begleiter entdeckt hatte - wo es ganz kurz erwähnt wurde und von chemfig höre ich heute zum ersten Mal - obwohl ich bei weitem nicht zum ersten Mal danach suche.

Gruß michl1211

\edit: gibt es chemfig noch mehr Informationen als diese Anleitung. Ausführlichere, oder weitere Anleitungen, oder eine offizielle Projektseite?

Gruß michl1211

[bloodworks]

Weiterführende Diskussionen um LaTeX und Chemie die nicht mit der eigentlichen Frage zu tun haben, bitte hier her: http://www.golatex.de/viewtopic,p,28143.html